迭代策展的 CRISPR 文库揭示了靶向蛋白降解剂的靶点特异性生物耐药景观

靶向蛋白降解（TPD）作为一种治疗开发和生物学发现的日益强大的方法，已逐渐兴起。包括蛋白水解靶向嵌合体（PROTACs）、分子胶以及标签靶向蛋白降解剂（tTPD）在内的TPD化合物，通过招募泛素-蛋白酶体系统（UPS），实现蛋白质的快速、选择性和可逆降解。然而，采用靶向蛋白降解剂进行的全基因组CRISPR筛选，往往被破坏降解剂活性的耐药机制所主导，包括被招募的E3连接酶组分丢失以及更广泛的UPS调控因子。由这些扰动所赋予的强选择优势，可能掩盖作用于靶蛋白降解下游、效应较弱的生物学遗传互作。为克服这一局限，我们通过迭代性的全基因组筛选和人工整理，开发了一种与TPD兼容的CRISPR敲除文库；该文库在保持接近全基因组覆盖度的同时，排除了与降解剂失效反复相关的一组特定基因。在多项降解剂筛选中，该文库降低了UPS相关耐药机制的主导性，并提升了与靶标生物学相关的遗传互作的检测与优先排序能力。以RBM39分子胶降解剂indisulam为模型，我们鉴定出ZMAT2缺失是一种耐药机制：其能够维持RBM39的降解，但削弱靶蛋白耗竭所引发的转录和剪接后果。综上，我们建立了一个与TPD兼容的CRISPR筛选框架，该框架提高了降解剂耐药筛选的生物学分辨率，并促进了靶向蛋白降解下游遗传依赖性的发现。

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一种迭代策划的 CRISPR 文库揭示了靶向蛋白降解剂中靶点特异性的生物学耐药性景观

Lin Liu ， Olivia Voulgaris ， Changqing Wang ， Dáire Gannon ， Matthew E Ritchie ， Rebecca Feltham ， Stephin J Vervoort

bioRxiv 2026.08.14.744749； doi: https://doi.org/10.64898/2026.08.14.744749

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一种迭代策划的 CRISPR 文库揭示了靶向蛋白降解剂中靶点特异性的生物学耐药性景观

Lin Liu ， Olivia Voulgaris ， Changqing Wang ， Dáire Gannon ， Matthew E Ritchie ， Rebecca Feltham ， Stephin J Vervoort

bioRxiv 2026.08.14.744749； doi: https://doi.org/10.64898/2026.08.14.744749

📄 原文链接：https://www.biorxiv.org/content/10.64898/2026.08.14.744749v1?rss=1

🏷️ CRISPR筛选 靶向蛋白降解 PROTAC 分子胶 耐药机制 遗传互作