通过冗余从头肽段读段的共识组装实现无参考蛋白质测序

在没有参考序列的情况下，依据串联质谱读取蛋白质序列的能力受限于单谱图的准确性，而这一问题在抗体的高变互补决定区中尤为突出。广谱特异性的蛋白酶可将蛋白质切分为长度较长且彼此重叠的肽段，从而使每个残基都能被许多相互独立的从头读取结果覆盖。borgonovo 将这些读取结果的逐步概率分布组装为一种无需参考的逐残基共识序列：它首先利用与质量闭合一致的读取结果播种模板，随后通过允许替换的比对和逐列投票招募其余读取结果。利用其共识位置提供的先验信息对每张谱图重新解码后，已定位谱图上的氨基酸准确率可由 0.80 提升至 0.87。在治疗性抗体曲妥珠单抗上，九种蛋白酶可在 0.88 的固定窗口一致性下实现对其重链和轻链的完全覆盖；一旦对局部插入缺失进行校正，在修剪后的组装结果上该值可达 0.93。在不作任何改动的情况下，将其应用于五种分泌组蛋白和采用三种蛋白酶处理的曲妥珠单抗时，在 82% 的覆盖度范围内可达到 0.87 的平均固定窗口一致性。borgonovo 是开源的，并且可与大多数从头测序工具配合使用，因此，冗余酶切可将其中任意一种工具转变为一种在不存在参考序列时可用的蛋白质测序方法。

在没有参考序列的情况下，依据串联质谱读取蛋白质序列的能力受到单谱图准确性的限制，而这一限制在抗体的高变互补决定区中尤为突出。广谱特异性蛋白酶可将蛋白质切割为长而相互重叠的肽段，从而使每个残基都能被许多相互独立的从头测序读段所覆盖。

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🏷️ 蛋白质从头测序 串联质谱 无参考组装 抗体测序 共识序列