长读长测序定量分析体内合成mRNA的丰度、完整性及宿主反应

合成mRNA可用于重编程生物系统，并日益应用于疫苗、基因治疗及其他先进治疗手段中。然而，在复杂样本中测量mRNA丰度、分子完整性及其生物学效应仍然具有挑战性。现有检测方法通常仅对转录本的短区域进行定量，或通过脂质或蛋白质读出间接推断递送情况。本文提出了一种长读长纳米孔测序方法，可在复杂细胞和组织样本中直接定量合成mRNA。该方法能够对全长合成mRNA进行绝对定量，以核苷酸分辨率描绘其降解情况，并同时分析相关宿主转录反应。 将该方法应用于小鼠体内脂质纳米颗粒（LNP）递送的mRNA后，研究揭示了组织特异性的递送与降解模式，并发现不同器官中mRNA积累与蛋白表达之间存在关键性脱节。该方法能够整合测量mRNA的命运、完整性及生物学反应，并将推动对RNA递送、稳定性、翻译及先天免疫识别机制的研究。

合成mRNA可用于重编程生物系统，并日益应用于疫苗、基因治疗及其他先进治疗手段中。然而，在复杂样本中测量mRNA丰度、分子完整性及其生物学效应仍然具有挑战性。现有检测方法通常仅定量转录本的短区域，或通过脂质或蛋白质读出来推断递送情况。在此，我们提出了一种长读长纳米孔测序方法，可直接对复杂细胞和组织样本中的合成mRNA进行定量。

该方法能够对全长合成mRNA进行绝对定量，以核苷酸分辨率描绘其降解情况，并同时分析相关宿主转录反应。将该方法应用于小鼠体内经脂质纳米颗粒（LNP）递送的mRNA后，我们揭示了组织特异性的递送与降解模式，并发现了不同器官间mRNA积累与蛋白表达之间一种关键性的不一致。

该方法实现了对mRNA命运、完整性及生物学反应的整合测量，并将推动对RNA递送、稳定性、翻译及先天免疫识别机制的研究。

📄 原文链接：https://www.biorxiv.org/content/10.64898/2026.08.10.741180v1?rss=1

🏷️ 长读长测序 纳米孔测序 合成mRNA LNP递送 mRNA完整性 宿主转录反应