PhaGAMeToo：一种用于合并噬菌体基因组结构与功能注释并生成 GenBank 文件的半自动化工作流程

摘要 研究动机：噬菌体注释的分析与整合耗时较长。此外，噬菌体注释工具的输出结果无法直接提交至公共数据库。为了解决这些问题，我们开发了 PhaGAMeToo。该 Linux 命令行工作流程整合了两种主要病毒注释工具（Pharokka 和 VIBRANT）的功能注释，从而实现更快速且更准确的功能注释。此外，该工作流程还可提供可直接提交的 GenBank 格式合并注释文件。 结果：PhaGAMeToo 通过三个步骤生成可直接提交的 GenBank 文件。用户将重新定向的病毒基因组作为 Pharokka 和 VIBRANT 的输入。随后，通过 PhaGAMeToo 工作流程解析 Pharokka 和 VIBRANT 生成的文件，以产生合并后的 GenBank 文件。此外，PhaGAMeToo 还支持使用 BLASTP 对 Pharokka 和 VIBRANT 未识别的假定蛋白进行注释。之后，它将这些结果合并为一个或多个可直接提交的 GenBank 文件。我们在三种不同的应用案例中测试了 PhaGAMeToo。在这些应用案例中，我们分析了经人工整理的参考病毒基因组和未培养病毒基因组，或者使用 MuDoGeR 直接回收获得的病毒基因组。在应用案例 1 中，我们分析了 4 个不同的 NCBI 参考基因组。在应用案例 2 和 3 中，我们分别分析了 7 个近期报道的巨型噬菌体基因组，以及从 30 个土壤宏基因组中回收的 56 个未培养病毒基因组。

摘要 研究动机：噬菌体注释的分析与整合过程十分耗时。此外，噬菌体注释工具的输出结果无法直接提交至公共数据库。为解决这些问题，我们开发了 PhaGAMeToo。该命令行 Linux 工作流程整合了两种主要病毒注释工具（Pharokka 和 VIBRANT）的功能注释，从而实现更快速且更准确的功能注释。此外，该工作流程还可提供可直接提交的 GenBank 格式合并注释文件。

研究结果：PhaGAMeToo 通过三个步骤生成可提交的 GenBank 文件。用户将重定向后的病毒基因组作为 Pharokka 和 VIBRANT 的输入。随后，通过 PhaGAMeToo 工作流程解析 Pharokka 和 VIBRANT 生成的文件，以生成合并的 GenBank 文件。此外，PhaGAMeToo 还支持使用 BLASTP 对 Pharokka 和 VIBRANT 未识别的假定蛋白进行注释。随后，它将这些结果合并为一个或多个可提交的 GenBank 文件。我们在三种不同的应用案例中测试了 PhaGAMeToo。在这些应用案例中，我们分析了经人工整理的参考病毒基因组和未培养病毒基因组，或使用 MuDoGeR 直接恢复的未培养病毒基因组。在应用案例 1 中，我们分析了四个不同的 NCBI 参考基因组。在应用案例 2 和 3 中，我们分别分析了七个近期报道的巨型噬菌体基因组，以及从 30 个土壤宏基因组中恢复的 56 个未培养病毒基因组。

📄 原文链接：https://www.biorxiv.org/content/10.64898/2026.08.09.738482v1?rss=1

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