- 1次围观
PanGBank（https://pangbank.genoscope.cns.fr）是一个全面的开放获取数据库，在广泛的分类学尺度上提供预计算的原核生物泛基因组。PanGBank 构建于 PPanGGOLiN 分区泛基因组图之上，通过提供标准化、定期更新且完全可访问的资源，满足了大规模比较基因组学日益增长的需求。 其初始版本由两个互补的数据集合构成，覆盖了 Genome Taxonomy Database（GTDB）中超过 4,600 个原核生物物种，包含逾 393,000 个基因组：GTDB_all 通过纳入 MAG 和 SAG，最大化了分类学和环境多样性；GTDB_refseq 则聚焦于高质量、注释信息丰富的基因组。每个物种水平的泛基因组均整合了基于图的统计分区，将基因家族划分为 persistent、shell 和 cloud 三类，同时还包括基因组可塑性区域（panRGP）和共定位功能模块（panModule）。 PanGBank 提供多种访问方式，包括 REST API、命令行界面（PanGBank-cli）以及交互式网页界面。通过将大规模泛基因组资源与先进的基于图的分析方法相结合，PanGBank 为探索微生物多样性、基因组进化、功能变异以及适应性性状在原核生物群体中的传播提供了一个可扩展的框架；这一点已通过一个关于鲍曼不动杆菌（Acinetobacter baumannii）泛基因组的应用案例得到展示，该案例考察了抗菌药物耐药性决定因子的分布与演化。
PanGBank（https://pangbank.genoscope.cns.fr）是一个全面的开放获取数据库，在广泛的分类学尺度上提供预计算的原核生物泛基因组。PanGBank 基于 PPanGGOLiN 分区泛基因组图谱构建，通过提供标准化、定期更新且完全可访问的资源，满足了大规模比较基因组学日益增长的需求。其初始版本包含两个互补的数据集合，覆盖来自 Genome Taxonomy Database（GTDB）的 4,600 多种原核生物物种，共计超过 393,000 个基因组：GTDB_all 通过纳入 MAG 和 SAG，最大化分类学与环境多样性；GTDB_refseq 则聚焦于高质量、注释信息丰富的基因组。每个物种水平的泛基因组均整合了基于图的统计分区，将基因家族划分为 persistent、shell 和 cloud 三类，同时包括基因组可塑性区域（panRGP）和共定位的功能模块（panModule）。PanGBank 提供多种访问方式，包括 REST API、命令行界面（PanGBank-cli）以及交互式网页界面。通过将大规模泛基因组资源与先进的基于图的分析方法相结合，PanGBank 为探索微生物多样性、基因组进化、功能变异以及适应性性状在原核生物群体中的传播提供了一个可扩展框架；以鲍曼不动杆菌（Acinetobacter baumannii）泛基因组为例的应用案例展示了该框架在研究抗菌药物耐药性决定因子的分布与演化方面的能力。
📄 原文链接：https://www.biorxiv.org/content/10.64898/2026.08.05.742796v1?rss=1
🏷️ 微生物泛基因组 比较基因组学 原核生物数据库 图泛基因组 基因组进化 抗菌药物耐药性