微单倍型提高猕猴桃属异质、混合倍性种群中的亲缘关系估计

在过去十年中，人们对微单倍型标记在同源多倍体类群中的应用兴趣日益增长。这主要源于其在等位基因剂量、连锁关系和遗传性信号方面在理论上和实际观测中的改进。然而，迄今为止，关于微单倍型标记是否适用于亲缘关系估计的研究仍然很少。在此，我们构建了基于微单倍型进行亲缘关系估计的理论，提出了适用于同源多倍体群体的 MCHap 微单倍型分型方法，并将这些方法应用于一个具有高度遗传多样性、混合倍性的猕猴桃属（Actinidia，猕猴桃及其近缘种）种质资源群体。 我们发现，基于微单倍型的亲缘关系估计通常优于基于等效单核苷酸变异的估计。这是因为微单倍型能够最小化等位基因之间的共祖信号，而这种信号在近期参考群体的背景下可能导致估计偏倚。因此，基于微单倍型得到的亲缘关系估计能够更准确地捕捉群体近期的人口统计历史。这些发现同时得到了共祖模拟和真实数据分析的支持。我们的研究结果适用于任何倍性的生物，但对于诸如猕猴桃属这类高度杂合的类群尤具实际应用价值。

在过去十年中，微单倍型标记在自体多倍体类群中的应用引起了越来越多的关注。这一趋势源于其在等位基因剂量、连锁性和遗传力信号方面理论上及观测上的改进。然而，迄今为止，关于微单倍型标记用于亲缘关系估计的适用性研究仍然很少。在此，我们建立了基于微单倍型的亲缘关系估计理论，介绍了适用于自体多倍体群体的 MCHap 微单倍型分型工具，并将这些方法应用于一个高度多样化、包含混合倍性的 Actinidia（猕猴桃及其近缘种）种质群体。我们发现，基于微单倍型的亲缘关系估计通常优于相应的单核苷酸变异估计。这是因为微单倍型最大程度地减少了等位基因间的共祖信号，而在近期参考群体背景下，这种信号可能使估计产生偏倚。因此，来自微单倍型的亲缘关系估计能够更准确地刻画群体近期的人口历史。这些发现得到了共祖模拟和真实数据分析的共同支持。我们的研究结果适用于任何倍性生物，但在如 Actinidia 这类高度杂合的类群中最具实际应用价值。

📄 原文链接：https://www.biorxiv.org/content/10.64898/2026.08.04.742852v1?rss=1

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