DuplexFM：可迁移的小RNA靶标表征将miRNA相互作用与siRNA疗效预测联系起来

微小RNA（miRNAs）和小干扰RNA（siRNAs）共享由Argonaute介导的引导链—靶标识别机制，然而，siRNA效力的定量测量在数量上远少于miRNA—靶标相互作用数据，且生成成本更高。因此，我们探究miRNA相互作用数据是否可为siRNA效力预测提供可迁移的监督信号。本文提出DuplexFM，一个具有生物学依据的框架，利用样本特异性门控整合五类证据来源：配对与序列上下文先验、双链体热力学、经实验监督的mRNA可及性、靶标到引导链的交叉注意力，以及上下文token对兼容性。可及性专家在核苷酸分辨率icSHAPE测量数据上训练后，在留出核苷酸水平上获得0.627的Pearson相关系数，并在seed匹配位点及能量支持的候选位点评估可及性。在miRBench v7上，三个独立训练的DuplexFM模型实现了0.873的宏平均APS（SD = 0.002），软投票将其提升至0.876，并在全部四个测试集上取得最高APS。随后，我们冻结miRNA训练得到的表示，仅使用24个siRNA特异性描述符训练一个轻量级残差头。与仅使用描述符的基线相比，迁移学习在全部六种评估设置中均提升了Pearson和Spearman相关系数、AUPRC和F1。该集成模型在四种设置中取得了最高的Pearson和Spearman相关系数，而OligoFormer在Huesken和Takayuki数据集上仍表现更优。这些结果表明，实验支撑的可及性信息与来源于miRNA的相互作用表征提供了互补且可迁移的信息，为构建Argonaute引导RNA调控的统一模型提供了参数高效的路径。代码和数据见：https://github.com/cbaiming/DuplexFM。

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DuplexFM：可迁移的小RNA靶标表征将 miRNA 相互作用与 siRNA 效力预测相联系

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Baiming Chen，Jiaqi Yin，Jia Fei，Mingjun Yang

doi： https://doi.org/10.64898/2026.08.06.743413

Baiming Chen 1 香港中文大学（深圳）；

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发布于 2026 年 8 月 12 日。

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Baiming Chen，Jiaqi Yin，Jia Fei，Mingjun Yang bioRxiv 2026.08.06.743413； doi： https://doi.org/10.64898/2026.08.06.743413

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Baiming Chen，Jiaqi Yin，Jia Fei，Mingjun Yang bioRxiv 2026.08.06.743413； doi： https://doi.org/10.64898/2026.08.06.743413

📄 原文链接：https://www.biorxiv.org/content/10.64898/2026.08.06.743413v1?rss=1

🏷️ miRNA-靶标相互作用 siRNA疗效预测 迁移学习 Argonaute mRNA可及性 深度学习