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随着耐药结核病（drug-resistant tuberculosis, DR-TB）病例的增加，及时检测耐药性对于指导有效治疗和限制传播至关重要。靶向下一代测序（targeted next-generation sequencing, tNGS）能够在覆盖多种关键药物的同时快速提供结果，但与作为最全面基因组学工具的全基因组测序（whole genome sequencing, WGS）相比，其在DR-TB诊断应用中的性能评估仍然有限。本横断面研究比较了印度尼西亚西爪哇地区前瞻性收集的116份利福平耐药结核病样本中，Deeplex Myc-TB tNGS检测与WGS生成的耐药谱。全部116份样本均进行了配对分析；临床样本被分开处理，一部分直接用于tNGS检测，另一部分经培养后用于基于培养的WGS。WGS和tNGS均在Illumina MiSeq平台上完成。 在所评估的13种抗结核药物中，tNGS与WGS总体表现出较高的一致性，尤其是在BPaLM方案所包含药物方面。异烟肼的一致性最低，为86.73%。在116份样本中，31.03%（n = 36）在一种或多种药物的耐药判定上存在两种方法间的不一致，这些不一致来源于73个差异性变异的识别。最常见的不一致来源是tNGS检测到耐药相关突变而WGS未检测到（54.8%）。tNGS在检测混合感染方面优于WGS，但WGS在识别样本中结核分枝杆菌主要谱系的详细信息方面更具优势。tNGS在检测利福平耐药结核病样本中的耐药相关突变时，与WGS显示出良好的一致性，同时具有更快的周转时间。为了保持该工具的临床相关性，有必要持续更新tNGS检测面板和突变目录。
随着耐药结核病（drug-resistant tuberculosis, DR-TB）病例的增加，及时检测耐药性对于指导有效治疗和限制传播至关重要。靶向下一代测序（targeted next-generation sequencing, tNGS）能够快速提供结果，并覆盖多种重要药物，但与作为最全面基因组学工具的全基因组测序（whole genome sequencing, WGS）相比，其在DR-TB诊断应用中的性能评估仍然有限。本横断面研究比较了印度尼西亚西爪哇地区前瞻性收集的116份利福平耐药结核病样本中，Deeplex Myc-TB tNGS检测与WGS生成的耐药谱。116份样本均纳入配对分析；临床样本被分开处理，一部分直接用于tNGS，另一部分经培养后用于基于培养的WGS。WGS和tNGS均采用Illumina MiSeq平台进行。
在所评估的13种抗结核药物中，tNGS与WGS表现出高度一致性，尤其是在BPaLM方案所包含的药物中。异烟肼的一致性最低，为86.73%。在116份样本中，31.03%（n = 36）在一种或多种药物的耐药判定上存在两种方法不一致的情况，这源于73个不一致的变异识别结果。最常见的不一致来源是tNGS检测到耐药相关突变而WGS未检测到（54.8%）。tNGS在检测混合感染方面优于WGS，但WGS在识别样本中结核分枝杆菌主要谱系的详细信息方面更具优势。tNGS在利福平耐药结核病样本中检测耐药相关突变时与WGS表现出良好一致性，且周转时间更短。为保持该工具的临床相关性，仍需持续更新tNGS检测面板和突变目录。
📄 原文链接：https://www.biorxiv.org/content/10.64898/2026.08.12.744373v1?rss=1
🏷️ 结核分枝杆菌 耐药结核病 靶向下一代测序 全基因组测序 耐药突变 谱系分析