RNase E 的内在无序 AR2 结构域结合 mRNA 翻译起始区

内在无序区域广泛存在于RNA加工机器中。在大肠杆菌中，RNase E利用其内在无序的C端结构域（CTD）将RNA募集至N端催化结构域，其中包括由调控性小RNA（sRNA）靶向的mRNA，但其底物识别与特异性的基础尚不清楚。 我们构建了一种可被蛋白酶切割的RNase E，并采用split-CRAC分离与内在无序CTD片段的AR2亚结构域发生交联的RNA。AR2优先结合mRNA，而sRNA及含有sRNA的杂交体则相对缺失，这支持其识别对象为mRNA。AR2的接触位点集中于核糖体结合位点和起始密码子周围可及的富含A的基序，且纯化的AR2在体外能够识别该基序。AR2还与rne翻译起始区域中的一个AUAA基序发生接触，删除AR2会增加RNase E的丰度，提示这种相互作用参与了自我调控。这些发现界定了一个相对较短的AR2结合基序，并与CTD同30S亚基之间的相互作用相一致；这种相互作用可能为一部分mRNA翻译起始区域提供额外的特异性。

内在无序区广泛存在于RNA加工机器中。在大肠杆菌中，RNase E 利用其内在无序的C端结构域（CTD）将RNA募集到N端催化结构域，包括由调控性小RNA（sRNA）靶向的mRNA，但其底物识别与特异性的基础尚不清楚。我们构建了一种可被蛋白酶切割的RNase E，并采用split-CRAC分离出与内在无序CTD片段的AR2亚结构域发生交联的RNA。AR2优先结合mRNA，而sRNA及含sRNA的杂合体则相对缺乏，这支持其识别对象为mRNA。AR2的接触位点集中于核糖体结合位点和起始密码子周围可及的富A基序，且纯化的AR2在体外能够识别该基序。AR2还与rne翻译起始区域中的一个AUAA基序发生接触，而删除AR2会增加RNase E的丰度，提示这种相互作用参与了自我调控。这些发现界定了一个相对较短的AR2结合基序，并且与CTD和30S亚基之间的相互作用相一致；后者可能为一部分mRNA翻译起始区域提供额外的特异性。

📄 原文链接：https://www.biorxiv.org/content/10.64898/2026.08.11.744331v1?rss=1

🏷️ RNase E 内在无序区 AR2结构域 mRNA翻译起始区 RNA识别 自我调控