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背景：从整体转录组中鉴定出的候选肿瘤细胞生物标志物，往往也表达于基质或血管区室，因此，这类基因与某一生物学程序在整体数据中的相关性，既可能反映肿瘤细胞生物学，也可能反映其与这些区室的共变。FOXC1 是 PAM50 中界定基底样亚型的转录因子，且具有经典的血管表达特征；在 Luminal A 型乳腺癌中，FOXC1 与免疫相关的关联曾被解读为肿瘤细胞内在特征。 方法：我们构建了一种区室校正框架——基于纯度和基质校正的偏相关分析，并在候选标志基因之间进行基准比较——随后将其应用于三个 Luminal A 队列（TCGA，n=571；METABRIC，n=700；SCAN-B，n=1,540；涵盖两种测序平台）以及单细胞数据（GSE176078；100,064 个细胞）。 结果：FOXC1 表观上的适应性免疫和三级淋巴结构耦联本质上是血管读出：在对介导白细胞黏附的内皮标志物进行校正后，这种关联减弱；而在仅采用结构性内皮复合指标校正时，该关联仍然存在，提示其标记的是具有免疫募集功能的血管。单细胞分析将 FOXC1 定位于血管壁——恶性细胞仅贡献 FOXC1 转录本的 1.8%，而内皮细胞和血管周细胞贡献了 90%。与 FOXC1 不同，基底细胞角蛋白（KRT5、KRT14、KRT17）和 TP63 仍保留残余的群体水平基底谱系信号；而表观上的生存获益在很大程度上可由年龄解释。 结论：Luminal A 型中的整体 FOXC1 主要来源于基质-血管区室。区室校正为解释异质性组织中整体生物标志物提供了一种候选方法。
背景：从整体转录组中鉴定出的候选肿瘤细胞生物标志物，往往也表达于基质或血管区室，因此，此类基因与某一生物学程序在整体样本中的相关性，既可能反映肿瘤细胞生物学，也可能反映其与这些区室的协变关系。FOXC1是PAM50定义基底样亚型的转录因子，并具有经典的血管表达特征；在Luminal A型乳腺癌中，FOXC1与免疫相关的关联常被解读为肿瘤细胞内在特征。
方法：我们构建了一种区室校正框架——基于纯度和基质校正的偏相关分析，并在候选标志物基因间进行基准比较——并将其应用于三个Luminal A队列［TCGA（n=571）、METABRIC（n=700）、SCAN-B（n=1,540）；涵盖两种测序平台］以及单细胞数据（GSE176078；100,064个细胞）。
结果：FOXC1表观上的适应性免疫和三级淋巴结构耦联，本质上是一种血管读出：在对表达白细胞黏附相关内皮标志物进行校正后，这种耦联减弱；而在仅对结构性内皮复合指标进行校正后，这种耦联仍然存在，提示其标记的是具有免疫募集功能的血管。单细胞分析将FOXC1定位于血管壁——恶性细胞仅贡献FOXC1转录本的1.8%，而90%来自内皮细胞和血管周细胞。与FOXC1不同，基底细胞角蛋白（KRT5、KRT14、KRT17）和TP63仍保留残余的人群水平基底谱系信号；观察到的表观生存优势在很大程度上可由年龄解释。
结论：Luminal A型中的整体FOXC1信号主要来源于基质-血管区室。区室校正为解释异质性组织中整体生物标志物提供了一种可行思路。
📄 原文链接：https://www.biorxiv.org/content/10.64898/2026.08.11.744143v1?rss=1
🏷️ 乳腺癌 Luminal A亚型 FOXC1 肿瘤微环境 单细胞转录组 区室校正