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禾生炭疽菌（Colletotrichum cereale）是一种侵染冷季型禾草的半生物营养型真菌病原物，与草坪草和谷类作物系统中的炭疽病相关。尽管其在农业上具有重要意义，但此前针对 C. cereale 的基因组资源仍然高度碎片化，限制了对其染色体尺度基因组结构及附属基因组的表征。在本研究中，我们利用 Oxford Nanopore 长读长测序、Hi-C 支架构建和 Illumina 抛光，对 C. cereale 6B 分离株构建了染色体尺度的基因组组装。该 58.01 Mb 的组装包括 13 条染色体尺度支架和 1 个线粒体基因组，N50 为 5.44 Mb，BUSCO 完整度为 98.6%。比较基因组分析鉴定出 3 条富含 AT、基因密度较低的附属染色体，即 Chr11（2.71 Mb）、Chr12（1.86 Mb）和 Chr13（1.36 Mb），这提供了首个染色体尺度的证据，表明 C. cereale 携带附属染色体。以 2.71 Mb 的大小而言，这些染色体位列该属目前已报道的最大附属染色体之中。这些附属染色体整体编码了预测效应子、碳水化合物活性酶（CAZymes）和生物合成基因簇（BGCs）。对另外 8 个 C. cereale 基因组的比较分析揭示了一个动态的附属基因组，其存在显著的存在-缺失变异，且没有任何一个分离株拥有与 6B 完全相同的全部附属组分。与此同时，这些基因组还表现出深度结构化特征，在全基因组分辨率下恢复了先前描述的两个谱系（A 和 B）；共享区域中的成对 ANI 值约为 92% 至 99.9%，反映出在单一且内聚的物种内部，不同谱系间存在深度分化。上述结果表明，C. cereale 具有高度动态、呈不连续分布的附属基因组，以及种内深度结构化的分化模式，并为研究 C. cereale 的基因组进化、适应性和致病性建立了染色体尺度的研究框架。
禾顶囊孢炭疽菌（Colletotrichum cereale）是一种侵染冷季型禾草的半生物营养型真菌病原物，与草坪草和谷物系统中的炭疽病相关。尽管其在农业上具有重要意义，但C. cereale的基因组资源长期以来仍然高度碎片化，限制了对其染色体尺度基因组结构及附属基因组的表征。在本研究中，我们利用Oxford Nanopore长读长测序、Hi-C辅助组装以及Illumina校正，构建了C. cereale分离株6B的染色体尺度基因组组装。该58.01 Mb的组装包含13条染色体尺度支架和1个线粒体基因组，N50为5.44 Mb，BUSCO完整度为98.6%。
比较基因组分析鉴定出3条富含AT、基因密度较低的附属染色体，分别为Chr11（2.71 Mb）、Chr12（1.86 Mb）和Chr13（1.36 Mb），这构成了C. cereale携带附属染色体的首个染色体尺度证据。以2.71 Mb计，这些附属染色体属于该属中已报道的最大附属染色体之一。这些附属染色体总体上编码预测效应子、碳水化合物活性酶（CAZymes）以及生物合成基因簇（BGCs）。对另外8个C. cereale基因组的比较分析揭示了一个动态变化的附属基因组，其存在显著的存在-缺失变异，且没有任何分离株拥有与6B完全相同的附属组分。
对同一批基因组的分析还显示出深度结构化特征，在全基因组分辨率下重建出此前描述的两个谱系（A和B）；在共享区域中，两两平均核苷酸一致性（ANI）值约为92%至99.9%，反映出在一个单一、连贯物种内部，谱系间存在深度分化。上述结果表明，C. cereale具有高度动态且呈不连续分布的附属基因组，以及种内深度结构化的分化模式，并为研究C. cereale的基因组进化、适应性和致病性建立了染色体尺度的研究框架。
📄 原文链接：https://www.biorxiv.org/content/10.64898/2026.08.06.743313v1?rss=1
🏷️ 染色体级基因组 附属染色体 比较基因组学 存在-缺失变异 真菌病原物 基因组进化