位点内重组对基于分支长度的基因流推断的影响

系统发育基因组学方法为研究生命之树广大支系间的杂交渗入提供了一种强有力的途径，因为它们能够基于基因树检验基因流，而不需要群体水平的重测序数据。这些方法通常假设每个位点都可由一个单一的、无重组的谱系关系来表征，但当位点内部发生重组时，这一假设可能被违背。本文利用共祖模拟评估了位点内重组如何影响 Aphid 中的基因流推断；Aphid 是一种通过分支长度来区分物种三联体中基因流与不完全谱系排序的方法。在所测试的各种条件下，Aphid 能够准确恢复受近期和中等程度基因流影响的位点比例；而当基因流较为古老时，重组则减轻了低估现象。该方法还保留了相对时间信号，其准确性会随着基因流年代更久远而降低。随后，我们将这一相对时间框架应用于 456 个非洲慈鲷外显子树，其中涉及 Coptodon 的拟议基因流始终与中等偏古老而非近期的共祖信号相关。总体而言，我们的模拟表明，在所测试条件下，位点内重组不会增加 Aphid 对基因流普遍程度推断的误差，但会降低对中间及祖先事件的时间分辨率。慈鲷的应用结果表明，即使存在这种分辨率损失，仍可在经验数据集中区分近期与较古老的基因流信号。

系统发育基因组学方法为研究生命之树广泛类群中的基因渗入提供了一种强有力的途径，因为它们可以直接基于基因树检验基因流，而无需群体水平的重测序数据。这些方法通常假设每个位点都可由一条单一且不发生重组的谱系关系来表征，而当位点内部发生重组时，这一假设可能被违反。在此，我们利用共祖模拟评估位点内重组如何影响 Aphid 的基因流推断。Aphid 是一种通过分支长度区分物种三联体中基因流与不完全谱系排序的方法。在所测试的各种条件下，Aphid 能够准确恢复受近期和中期基因流影响的位点比例；而当基因流较为古老时，重组则减轻了低估现象。该方法还保留了相对时间信号，其准确性会随着基因流年代的久远而下降。随后，我们将这一相对时间框架应用于 456 个非洲慈鲷外显子树，结果显示，涉及 Coptodon 的拟议基因流始终与中期至古老而非近期的共祖信号相关。总体而言，我们的模拟表明，在所测试条件下，位点内重组不会增加 Aphid 对基因流普遍性的推断误差，但会降低对中间及祖先事件的时间分辨率。慈鲷应用案例表明，这种分辨率的下降仍然允许在经验数据集中区分近期与较古老的基因流信号。

📄 原文链接：https://www.biorxiv.org/content/10.64898/2026.08.10.743750v1?rss=1

🏷️ 位点内重组 基因流推断 系统发育基因组学 共祖模拟 不完全谱系排序 慈鲷