从转录组学和蛋白质组学推断的样本特异性蛋白质-蛋白质相互作用网络显示出高度相似性

上下文化的蛋白质-蛋白质相互作用网络为疾病及其他生物过程提供了关键见解，但要深入理解这些过程及其对个体的不同影响，必须研究单个样本中的蛋白质-蛋白质相互作用。一种直接估计样本PPI网络的方法是将已知PPI的通用网络限制为该样本中存在的蛋白质。尽管蛋白质组学方法正变得更加易于获取且更加精确，大规模和单细胞研究仍主要以表征样本的转录组学谱为目标，而后者通常被用作蛋白质活性的近似。基因表达与蛋白质丰度之间的相关性已在过去得到研究，但关于不同组学基础上的PPI网络估计之间偏差的信息仍然缺乏。在本研究中，我们对基于转录组学和基于蛋白质组学的样本特异性PPI网络估计进行了比较分析，以填补这一空白。我们建立了一个框架，用于在两个独立数据集中对这两种组学层面进行全面且透明的比较，特别关注与时间相关的网络动态。我们发现，不同组学基础网络在按规模调整后的特征上非常相似；它们随时间变化的总体趋势也常常一致，但变化速率通常不同。两类网络中共同节点的特征也表现出高度相似性，并且通常具有不同的时间相关变化速率，但这一点会随不同指标而变化。这些结果揭示了PPI网络估计的性质，并提示在恰当解释这些结果时应保持谨慎。

上下文化的蛋白质-蛋白质相互作用网络为疾病及其他生物过程提供了关键洞见，但要深刻理解此类过程及其对个体的不同影响，必须研究单个样本中的蛋白质-蛋白质相互作用。一种直接估计样本PPI网络的方法，是将已知PPI的通用网络限制于样本中存在的蛋白质。尽管蛋白质组学方法正变得越来越易于获取且更为精确，大规模和单细胞研究仍主要针对样本的转录组学特征进行表征，而这些信息常被用作蛋白质活性的近似。基因表达与蛋白质丰度之间的相关性已在过去得到探讨，但关于不同组学基础上的PPI网络估计之间偏差的信息仍然缺乏。本研究中，我们对基于转录组学和基于蛋白质组学的样本特异性PPI网络估计进行了比较分析，以填补这一空白。我们构建了一个框架，用于在两个独立数据集中对两种组学层面进行全面且透明的比较，特别关注与时间相关的网络动态。我们发现，不同组学基础网络在按规模调整后的特征上非常相似；其随时间变化的总体趋势也往往一致，但变化速率通常不同。两种网络中共同存在节点的特征也表现出高度相似性，并且常呈现不同的时间相关变化速率，但这一点会因指标而异。这些结果揭示了PPI网络估计的性质，并提示在恰当解释这些结果时应保持谨慎。

📄 原文链接：https://www.biorxiv.org/content/10.64898/2026.08.09.743737v1?rss=1

🏷️ 样本特异性PPI网络 转录组学 蛋白质组学 网络推断 时间动态 多组学比较