利用全转录组分析在原位解析克隆性癌症演化过程中的免疫反应

单细胞空间转录组学现已成为在肿瘤原位组织背景中研究肿瘤的核心方法。在此，我们首次对Atera这一新型空间全转录组平台进行了全面且独立的评估，并将其与Xenium在人体导管原位癌（DCIS）相邻组织切片上的表现进行了比较。我们表明，Atera能够实现精细的细胞状态注释，并解析稀有细胞群体；对此我们通过多重免疫荧光（IF）实验进行了验证。我们进一步表明，其全转录组覆盖能力支持在单细胞分辨率下推断拷贝数改变，从而使我们能够重建DCIS的克隆演化。我们还通过对连续组织切片中16个显微切割肿瘤区域进行全基因组测序，从正交角度验证了所推断的拷贝数改变。最后，通过将免疫微环境映射到这一克隆结构之上，我们证明了在原位追踪免疫反应沿肿瘤克隆演化发生变化的可行性。综上，我们的结果确立了Atera作为一个经验证的平台，可用于在临床样本中追踪克隆演化和免疫适应。

单细胞空间转录组学现已成为在肿瘤原位组织背景中研究肿瘤的核心方法。在此，我们首次对新型空间全转录组平台 Atera 进行了全面且独立的评估，并将其与 Xenium 在人类导管原位癌（DCIS）相邻切片中的表现进行了比较。我们表明，Atera 能够实现细粒度的细胞状态注释并解析稀有细胞群体，且我们通过多重免疫荧光（IF）实验对其进行了验证。我们进一步表明，其全转录组覆盖能力能够支持在单细胞分辨率下推断拷贝数改变，从而使我们得以重建 DCIS 的克隆演化过程。我们还通过对连续组织切片中 16 个显微切割肿瘤区域进行全基因组测序，从正交角度证实了所推断的拷贝数改变。最后，通过将免疫微环境映射到这一克隆结构之上，我们证明了在原位追踪克隆性肿瘤演化过程中免疫应答变化的可行性。综上，我们的结果确立了 Atera 作为一种经验证的平台，可用于在临床样本中追踪克隆演化和免疫适应。

📄 原文链接：https://www.biorxiv.org/content/10.64898/2026.08.03.741871v1?rss=1

🏷️ 空间转录组学 肿瘤克隆演化 免疫微环境 拷贝数改变 导管原位癌