BWR-finder：基于 BWT 的超大型基因组从头散在重复序列检测

我们开发了 BWR-finder（基于 Burrows--Wheeler 变换的重复序列查找器），这是一种新的软件工具，可在无需数据库的条件下检测数十 Gb 大型基因组中的散在重复序列。BWR-finder 采用基于 BWT 的种子延伸式重复检测算法以及并行化延伸计算，从而同时改进了运行时间和内存使用。 在以水稻和人类基因组为对象的基准测试中，BWR-finder 在保持较高核苷酸水平重复检测灵敏度的同时，相比 RepeatModeler2、HiTE 和 REPrise 缩短了运行时间，并且相比 HiTE 和 REPrise 降低了内存使用。 BWR-finder 还实现了对大于 10 Gb 的基因组进行全基因组重复检测，并在 20.3 Gb 的 *Pleurodeles waltl* 基因组中鉴定出候选重复区域和重复一致序列，这些区域和序列与现有的重复注释或重复序列文库均不相关。

我们开发了 BWR-finder（基于 Burrows--Wheeler 变换的重复序列查找器），这是一种新的软件工具，可在无需数据库的条件下检测数十 Gb 大型基因组中的散在重复序列。BWR-finder 采用基于 BWT 的种子延伸型重复检测算法以及并行化的延伸计算，从而同时改善了运行时间和内存使用。在以水稻和人类基因组为对象的基准测试中，与 RepeatModeler2、HiTE 和 REPrise 相比，BWR-finder 缩短了运行时间；与 HiTE 和 REPrise 相比，BWR-finder 降低了内存使用，同时保持了较高的核苷酸水平重复检测灵敏度。BWR-finder 还实现了对大于 10 Gb 基因组的全基因组重复检测，并在 20.3 Gb 的 textit{Pleurodeles waltl} 基因组中鉴定出候选重复区域和重复一致序列，这些区域和序列均未与现有的重复注释或重复序列库相关联。

📄 原文链接：https://www.biorxiv.org/content/10.64898/2026.08.03.738468v1?rss=1

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