Waltz、AlphaFold 和 ESMfold 对人朊蛋白平铺肽文库的预测揭示了一个具有强构象敏感性的 C 末端区域

人类朊蛋白（PrP）中的短线性序列基序可能编码局部聚集倾向，而这种倾向在全长序列分析中并不明显。为绘制PrP全序列范围内的内在淀粉样形成潜能图谱，我们基于253个残基的人类PrP序列，构建了一个完整的、以单残基步长滑动的重叠15肽文库，并使用WALTZ在高特异性模式和最佳总体性能模式下对每条肽段进行评估，同时采用全长SNPeffect4/WALTZ输出结果作为比较。基于肽段水平的WALTZ分析识别出若干候选淀粉样形成区域，其中包括一个位于N端信号肽区段、跨越约第8–21/22位残基的片段；该区域在公开可获得的全长WALTZ/SNPeffect4输出结果中并未被检测到。采用AlphaFold 3.0进行的预测还识别出一个短的C端区域，其代表性肽段可形成α-螺旋或一对β-链，表明该区域可能更易发生构象动态变化。该计算研究支持将肽段平铺策略作为一种互补性筛选方法，用于识别PrP及其他与错误折叠相关蛋白中的候选短聚集易感基序。

人类朊蛋白（PrP）内部的短线性序列基序可能编码局部聚集倾向，而这种倾向在全长序列分析中未必显现出来。为绘制 PrP 全序列范围内的内在淀粉样形成潜能，我们基于 253 个残基的人类 PrP 序列，构建了一个以单残基步长平移、由重叠 15 肽组成的完整文库，并采用 WALTZ 的高特异性模式和最佳总体性能模式对每条肽段进行评估，同时以全长序列的 SNPeffect4/WALTZ 输出结果作为比较。基于肽段水平的 WALTZ 分析，我们鉴定出若干候选淀粉样形成区域，其中包括一个位于 N 端信号肽区段、约跨越第 8–21/22 位残基的片段；该区域在公开可获得的全长 WALTZ/SNPeffect4 输出中并未被检出。采用 AlphaFold 3.0 所作的预测还识别出一个短的 C 端区域，其代表性肽段形成 α-螺旋或一对 β-折叠链，提示该区域可能更易发生构象动态变化。这项计算研究支持将肽段平铺分析作为一种互补性筛选策略，用于识别 PrP 及其他与错误折叠相关蛋白中的候选短聚集易感基序。

📄 原文链接：https://www.biorxiv.org/content/10.64898/2026.07.31.742043v1?rss=1

🏷️ 朊蛋白 淀粉样形成 肽段平铺文库 蛋白质构象预测 聚集易感基序