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CosR是空肠弯曲菌（Campylobacter jejuni）中一种必需的OmpR家族转录调控因子，但其直接调控子及其体内DNA结合特性仍未得到充分界定。在本研究中，我们利用携带功能性染色体CosR::3xFLAG等位基因的ChIP-seq，界定了全基因组范围内的CosR结合图谱。CosR结合在启动子区域显著富集，并聚集于转录起始位点附近，这与其在转录调控中的主要作用一致。 对启动子结合靶标的功能分析显示，与翻译和转录相关的功能显著富集，从而表明CosR是核心细胞过程的调控因子。对以峰顶为中心的ChIP-seq区域进行基序分析，鉴定出一种与CosR相关的二部式序列特征，其特点是由富含A/T的间隔序列分隔的TTAA样元件。DNase I足迹分析在核苷酸分辨率水平证实了其对启动子的直接结合，并揭示了异质性的结构模式，包括单一、多部式和双向结合排列。基于足迹分析得到的基序与ChIP得到的基序具有显著相似性，支持体内富集区域与体外受保护片段之间存在共享的识别特征。足迹分析还验证了CosR在非编码RNA启动子以及cosR启动子上的结合，表明其具有自我调控作用。 过氧化氢处理在体内以差异性方式重塑了CosR对启动子的占据：其在与翻译相关的启动子上的结合减少，而在其他靶标上的富集增加。氧化还原依赖性的足迹分析表明，氧化条件可直接削弱CosR在选定启动子上的结合，这与此前报道的依赖于C218的氧化还原调节作用一致。尽管存在这些相反的占据模式，大多数检测的转录本在氧化胁迫后仍然下降，这表明CosR的氧化还原响应性与更广泛的胁迫依赖性调控输入相整合。 综上，这些数据将CosR界定为一种条件响应性调控因子，连接了启动子识别、核心生理过程以及与氧化胁迫相关的转录重塑。
空肠弯曲菌中 CosR 调控子及其 DNA 结合特性的全基因组界定 | bioRxiv
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空肠弯曲菌中 CosR 调控子及其 DNA 结合特性的全基因组界定
Elena Chiti，Tobia Odorici，Mateusz Noszka，Jakub Muraszko，Annamaria Zannoni，Anna Anna Zawilak-Pawlik，Andrea Vannini，Davide Roncarati
doi： https://doi.org/10.64898/2026.08.04.742711
Elena Chiti 1 博洛尼亚大学；
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发表于 2026 年 8 月 4 日。
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空肠弯曲菌中 CosR 调控子及其 DNA 结合特性的全基因组界定
Elena Chiti，Tobia Odorici，Mateusz Noszka，Jakub Muraszko，Annamaria Zannoni，Anna Anna Zawilak-Pawlik，Andrea Vannini，Davide Roncarati
bioRxiv 2026.08.04.742711； doi： https://doi.org/10.64898/2026.08.04.742711
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空肠弯曲菌中 CosR 调控子及其 DNA 结合特性的全基因组界定
Elena Chiti，Tobia Odorici，Mateusz Noszka，Jakub Muraszko，Annamaria Zannoni，Anna Anna Zawilak-Pawlik，Andrea Vannini，Davide Roncarati
bioRxiv 2026.08.04.742711； doi： https://doi.org/10.64898/2026.08.04.742711
📄 原文链接：https://www.biorxiv.org/content/10.64898/2026.08.04.742711v1?rss=1
🏷️ 空肠弯曲菌 CosR调控子 ChIP-seq DNA结合基序 氧化胁迫 转录调控