法国波尔多保存的多样性葡萄种质资源收藏的全基因组测序数据

葡萄（Vitis vinifera）是世界上经济价值最重要的果树作物之一，也是多年生果树遗传学与基因组学研究的模式物种。栽培和野生葡萄属（Vitis）物种中存在的广泛遗传多样性，为驯化、适应、性状演化和育种研究提供了宝贵资源。本文介绍了一个标准化的全基因组变异数据集，该数据集包含保存在 INRAE 波尔多葡萄种质资源库中的 547 份葡萄材料，其中包括 397 个栽培化的 V. vinifera 品种和 150 份野生葡萄属材料。全基因组测序数据以约 20× 的目标测序深度获得，并采用标准化的 Genome Analysis Toolkit（GATK）工作流程，以参考基因组 PN40024v4（40X）为基础进行序列变异鉴定。变异检测在完整样本集上同步开展，以确保一致的基因型判定。所有材料均采用相同技术进行测序，并使用相同的参考基因组、序列比对、变异检测和过滤流程进行处理，从而构建出一个标准化变异数据集，包含约 910 万个 SNP 和 77 万个 INDEL。最终得到的 VCF 文件提供了一个统一的基因组资源，可直接复用于葡萄遗传学、种质资源表征、群体基因组学、比较基因组学、全基因组关联研究，以及生物信息学方法的开发与基准评测等研究。

葡萄（Vitis vinifera）是全球最具经济重要性的果树作物之一，也是多年生果树遗传学与基因组学的模式物种。栽培种和野生Vitis物种中丰富的遗传多样性，为驯化、适应、性状演化和育种研究提供了宝贵资源。本文提出一个标准化的全基因组变异数据集，涵盖INRAE波尔多葡萄种质资源库中保存的547份葡萄样本，包括397个驯化的V. vinifera栽培品种和150份野生Vitis材料。全基因组测序数据以约20倍的目标测序深度生成，并使用标准化的Genome Analysis Toolkit（GATK）流程，基于参考基因组PN40024v4（40X）识别序列变异。变异发现是在完整样本集合上同时进行的，以确保基因型判定的一致性。 所有样本均采用相同测序技术，并使用相同的参考基因组、序列比对、变异检测和过滤流程进行处理，从而生成了一个标准化变异数据集，包含约910万个SNP和77万个INDEL。所得VCF文件提供了一个统一的基因组资源，可直接用于葡萄遗传学、种质资源表征、群体基因组学、比较基因组学、全基因组关联研究以及生物信息学方法的开发与基准测试。

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🏷️ 葡萄种质资源 全基因组测序 基因组变异 群体基因组学 SNP与INDEL