鉴定 CD40 自身免疫位点中的因果等位基因促进了 B 细胞中情境特异性反式效应的发现

数以千计的遗传变异与自身免疫性疾病相关，但致病性变异、其作用机制以及其发挥作用的致病背景仍不明确。对致病背景的认识，可能使人们能够采用有效的靶向治疗，而非广泛的免疫抑制策略。首先，为了聚焦于免疫反应的遗传学，我们利用了来自356名个体的1,055,857个外周血单个核细胞的表面标志物CITE-seq数据。我们界定了八种细胞类型中148种表面蛋白的遗传关联。我们在CD40位点观察到一个信号，该位点与类风湿关节炎（RA）及其他自身免疫性疾病有关。RA风险变异使B细胞表面的CD40蛋白表达增加约20%，但对mRNA的影响极小。其次，我们采用了单碱基分辨率的基因组编辑技术，并结合CRAFT-seq，在单细胞分辨率下同时捕获编辑位点的基因组DNA序列和多模态表型。我们在Kozak基序内鉴定出一个单一致病等位基因rs1883832。第三，我们在原代B细胞中编辑了这一等位基因，并开展CRAFTseq，证明其对200多个基因存在反式效应。这些效应仅出现在类似生发中心明区的状态中。重要的是，在未刺激B细胞的人群尺度队列中，并未观察到这些反式效应。这构成了一个用于界定疾病致病等位基因及其顺式和反式效应的框架。它表明，通过编辑来界定致病性遗传变异以发现反式效应具有强大优势，而这类效应在人群研究中并不容易被发现。

数以千计的遗传变异与自身免疫性疾病相关，但其中的因果变异、其作用机制以及其发挥作用的致病背景仍不明确。对致病背景的认识可能有助于实现有效的靶向治疗，而非采用广泛的免疫抑制策略。首先，为了聚焦于免疫反应的遗传学，我们利用了来自356名个体的1,055,857个外周血单个核细胞的表面标志物 CITE-seq 数据。我们界定了跨八种细胞类型的148种表面蛋白的遗传关联。我们在 CD40 位点观察到一个信号，该位点已被认为与类风湿关节炎（RA）及其他自身免疫性疾病有关。RA 风险变异使 B 细胞表面的 CD40 蛋白表达增加约20%，但对 mRNA 的影响极小。其次，我们采用了单碱基分辨率的基因组编辑技术，并结合 CRAFT-seq，在单细胞分辨率下同时捕获编辑位点的基因组 DNA 序列和多模态表型。我们在 Kozak 基序内界定了一个单一的因果等位基因 rs1883832。第三，我们在原代 B 细胞中编辑了这一等位基因，并开展 CRAFT-seq，从而证明其对200多个基因具有反式效应。这些效应仅出现在类似生发中心明区的状态中。重要的是，在未刺激 B 细胞的人群规模队列中，并未观察到这些反式效应。这构成了一个用于界定疾病因果等位基因及其顺式和反式效应的框架。该研究展示了通过编辑来界定因果遗传变异、进而发现反式效应的能力，而这些效应在群体研究中并不容易被发现。

📄 原文链接：https://www.biorxiv.org/content/10.64898/2026.07.29.741564v1?rss=1

🏷️ 自身免疫 CD40位点 B细胞 因果等位基因 单细胞测序 反式调控