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在克罗恩病患者中，未发生炎症的肠上皮即使在临床缓解期间，仍表现出类似炎症的转录特征。然而，尚不清楚这种特征究竟源于持续存在的环境触发因素，还是源于上皮自身内在的免疫适应。 为了解析环境因素与细胞内在因素对疾病特征的影响，我们采用活动期和静止期克罗恩病患者以及对照供体的未发生炎症的肠组织活检样本，构建了与供体匹配、富集肠上皮细胞的类器官。我们从肠组织及其匹配类器官中采集了单细胞RNA测序和单细胞ATAC测序数据，并分别检测了患者腔内代谢物刺激前后的状态。该方法使我们能够区分外源性因素的影响，以及细胞脱离其局部环境后仍持续存在的内在改变。 我们发现，类器官细胞保留了上皮细胞自主性的疾病表型，即使这些类器官来源于处于缓解期的患者也是如此；而组织细胞的特征则显示出免疫—上皮及微生物—上皮串扰的证据。与健康对照类器官相比，克罗恩病患者来源的类器官在暴露于患者来源的腔内代谢物后，表现出疾病相关转录变化的选择性激活以及对环境有反应的炎症性染色质重塑。总体而言，我们的研究表明，疾病相关的上皮状态是由细胞内在失调与微环境线索共同塑造的。
上皮细胞内在改变及对腔内代谢物的适应不良是克罗恩病持续性发病机制的基础 | bioRxiv
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上皮细胞内在改变及对腔内代谢物的适应不良是克罗恩病持续性发病机制的基础
Jianqiao Liu，Ran Zhou，Jason Koval，Peter Carbonetto，Candace M Cham，Ashley M Sidebottom，Matthew Stephens，Sebastian Pott，Eugene B Chang，Anindita Basu
doi： https://doi.org/10.64898/2026.07.29.741535
Jianqiao Liu 芝加哥大学 在 Google Scholar 上查找该作者 在 PubMed 上查找该作者 在持有人为作者/资助方，其已授予 bioRxiv 永久展示该预印本的许可。 本文依据 CC-BY 4.0 国际许可协议公开提供。
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发布于 2026年8月4日。
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Jianqiao Liu，Ran Zhou，Jason Koval，Peter Carbonetto，Candace M Cham，Ashley M Sidebottom，Matthew Stephens，Sebastian Pott，Eugene B Chang，Anindita Basu
bioRxiv 2026.07.29.741535； doi： https://doi.org/10.64898/2026.07.29.741535
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上皮细胞内在改变及对腔内代谢物的适应不良是克罗恩病持续性发病机制的基础
Jianqiao Liu，Ran Zhou，Jason Koval，Peter Carbonetto，Candace M Cham，Ashley M Sidebottom，Matthew Stephens，Sebastian Pott，Eugene B Chang，Anindita Basu
bioRxiv 2026.07.29.741535； doi： https://doi.org/10.64898/2026.07.29.741535
📄 原文链接：https://www.biorxiv.org/content/10.64898/2026.07.29.741535v1?rss=1
🏷️ 克罗恩病 肠上皮细胞 类器官 单细胞测序 肠腔代谢物 染色质重塑