- 6 次围观
摘要 背景 研究软件对于现代数据分析至关重要，但其开发和维护往往仅由少数研究人员承担。当开发者离开后，软件可能沦为孤儿软件，从而限制其再利用，并带来宝贵领域知识和计算方法流失的风险。尽管研究软件的 FAIR 原则（FAIR4RS）为提升研究软件的可重用性提供了重要基础，但仅仅符合这些原则并不能保证实际上的可复用性。在此，我们考察了是否能够利用既有的软件工程实践和社区标准，系统性地挽救孤儿科学软件，并将其转化为可持续、可复用的工作流程。 研究结果 我们对已废弃的、基于 MATLAB 的大规模光片显微成像图像分析工具包 NuMorph 进行了重新工程化，将其改造为 nf-core/lsmquant——一个基于 Nextflow、按照 nf-core 社区指南开发的工作流程。重新工程化后的工作流程在保持与原始科学方法相当的计算成本的同时，提升了软件的 FAIR 性、可移植性和可重复性。集成到 nf-core 生态系统中后，该工作流程获得了一个社区驱动的框架，能够通过分布式维护和共享开发实践来支持软件的可持续性；与此同时，模块化的工作流程架构也简化了 nf-core/lsmquant 向原始应用之外的更多光片显微成像数据集的适配。 结论 我们的工作表明，在 FAIR 和软件可持续性原则的指导下，通过系统性的重新工程化，可以成功挽救孤儿科学软件。通过将遗留代码库转化为由社区维护的工作流程，我们在保留有价值的领域特定方法的同时，提升了其易用性、可维护性和可重复性。该方法为恢复孤儿研究软件并将其整合到现代化、可复用的研究生态系统中提供了一种切实可行的策略。 关键词 光片荧光显微镜，Nextflow，nf-core，重新工程化，可持续软件
从被弃用脚持有者为作者/资助方，其已授予 bioRxiv 永久展示该预印本的许可。 本文依据 CC-BY 4.0 国际许可协议 发布。
返回顶部 上一页 下一页
发布于 2026 年 8 月 3 日。 下载 PDF 补充材料 数据/代码 电子邮件
感谢您有兴趣帮助传播 bioRxiv 上的这篇文章。 您的电子邮件 * 您的姓名 * 发送至 * 请输入多个地址，每行一个，或用逗号分隔。
您将通过电子邮件发送以下内容 从被弃用脚本到符合 FAIR 原则的社区流程：借助 nf-core 挽救孤儿生物信息学工作流——来自光片荧光显微镜的经验
邮件主题 （您的姓名）已从 bioRxiv 转发了一个页面给您
邮件正文 （您的姓名）认为您可能会想查看 bioRxiv 网站上的这个页面。
您的个人留言
验证码 此问题用于测试您是否为人类访客，并防止自动化垃圾信息提交。
分享
从被弃用脚本到符合 FAIR 原则的社区流程：借助 nf-core 挽救孤儿生物信息学工作流——来自光片荧光显微镜的经验
Carolin Schwitalla ， Luis Kuhn Cuellar ， Matthias Hoertenhuber ， Niklas Grote ， Tatiana Woller ， Irene Lamberti ， Benjamin Pavie ， Thomas Kuestner ， Felix A. Kyere ， Ian Curtin ， Jason L. Stein ， Sven Nahnsen
bioRxiv 2026.07.29.741447； doi： https://doi.org/10.64898/2026.07.29.741447
分享本文： 复制 引文工具
从被弃用脚本到符合 FAIR 原则的社区流程：借助 nf-core 挽救孤儿生物信息学工作流——来自光片荧光显微镜的经验
Carolin Schwitalla ， Luis Kuhn Cuellar ， Matthias Hoertenhuber ， Niklas Grote ， Tatiana Woller ， Irene Lamberti ， Benjamin Pavie ， Thomas Kuestner ， Felix A. Kyere ， Ian Curtin ， Jason L. Stein ， Sven Nahnsen
bioRxiv 2026.07.29.741447； doi： https://doi.org/10.64898/2026.07.29.741447
📄 原文链接：https://www.biorxiv.org/content/10.64898/2026.07.29.741447v1?rss=1
🏷️ 光片荧光显微镜 Nextflow nf-core 工作流重构 FAIR软件 可持续科研软件