阶段感知转录组学揭示了短期离体培养的间日疟原虫中选择性单倍型持续存在

间日疟原虫（Plasmodium vivax，Pv）感染在发育上具有不同步性，且常呈多克隆特征，从而增加了对群体寄生虫转录组进行解读的复杂性。在本研究中，我们利用阶段去卷积和 PvMSP1 单倍型分型方法，分析了来自埃塞俄比亚临床分离株的配对体内（in vivo）及短期离体（ex vivo）转录组。离体成熟使推断出的裂殖子期比例略有增加，同时在很大程度上保持了滋养体期和配子体期的比例。对寄生虫发育阶段组成进行校正后，体内与离体转录组在整体上仍然高度相似，且未发现任何显著差异表达的基因，这表明不存在主要的培养诱导型转录反应。相较之下，短期培养降低了感染复数，压缩了宿主体内单倍型多样性，并以非随机方式耗竭特定单倍型，这与克隆瓶颈现象一致。在一部分低复杂度感染中，残余表达模式可按优势单倍型聚类，提示存在独立于发育阶段的基因型相关转录异质性。综合来看，这些发现表明，短期离体培养能够富集晚期无性阶段，并对克隆进行选择性筛滤，而不是诱导一种共同的转录程序。这些结果表明，离体培养是研究基因表达的可靠方法，尤其适用于晚期阶段。然而，在解读来源于自然感染的 Pv 转录组时，需要明确对发育组成和感染复杂性进行建模。

感谢您有兴趣帮助传播 bioRxiv 的相关信息。

📄 原文链接：https://www.biorxiv.org/content/10.64898/2026.05.11.724466v1?rss=1

🏷️ 间日疟原虫 转录组学 阶段去卷积 单倍型分型 离体培养 克隆选择