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染色体倒位在调节分化进化谱系之间杂交结果中的作用仍然知之甚少。欧洲沙丁鱼（Sardina pilchardus）是一种高扩散能力的海洋鱼类，已知携带染色体倒位，因此为研究这一问题提供了理想体系。基于对345个个体进行低覆盖度全基因组测序所获得的约700万个SNP，我们鉴定出24个推定的染色体倒位，其跨度约占基因组的三分之一，揭示出一种倒位极为丰富的基因组结构。 对倒位起源的推断表明，衍生排列分别独立起源于大西洋或地中海谱系，并且目前在杂交群体中共存。二次接触并未促进基因组均质化；相反，在这一倒位丰富的基因组中，二次接触与谱系分化的维持相关，并在持续基因流条件下形成了祖先成分的结构化镶嵌格局。这些结果表明，在倒位丰富的基因组中，二次接触并不必然导致谱系融合，而独立衍生的染色体重排能够在高扩散物种中持续存在并塑造杂交结果。 尽管这些倒位的适应性意义仍不明确，其地理分布仍为研究群体结构与连通性提供了重要框架，并对重建过去动态、预测未来响应以及制定保护策略具有重要意义。
富含倒位的基因组塑造了杂交混合的结果，在欧洲沙丁鱼中形成谱系特异性祖先成分的镶嵌格局 | bioRxiv
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富含倒位的基因组塑造了杂交混合的结果，在欧洲沙丁鱼中形成谱系特异性祖先成分的镶嵌格局
Marina Puebla-Aparicio， Pierre-Alexandre Gagnaire， Alice Manuzzi， Natalia Diaz-Arce， Kenza Mokhtar-Jamai， Niall J McKeown， Federico Cali， Naiara Rodriguez-Ezpeleta
doi： https://doi.org/10.64898/2026.07.28.741196
Marina Puebla-Aparicio 1 AZTI，海洋研究，巴斯克研究与技术联盟（BRTA），西班牙苏卡列塔。
Pierre-Alexandre Gagnaire 2 法国国家科学研究中心（CNRS）—蒙彼利埃进化科学研究所；
Alice Manuzzi 3 AZTI；
Natalia Diaz-Arce 3 AZTI；
Kenza Mokhtar-Jamai 4 国家渔业研究所；
Niall J McKeown 5 阿伯里斯特威斯大学；
Federico Cali 6 国家研究委员会
Naiara Rodriguez-Ezpeleta 1 AZTI，海洋研究，巴斯克研究与技术联盟（BRTA），西班牙苏卡列塔。
通讯作者： nrodriguez{at}azti.es
摘要
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摘要
染色体倒位在调节分化进化谱系之间杂交混合结果中的作用，仍然知之甚少。欧洲沙丁鱼（Sardina pilchardus）是一种高度扩散的海洋鱼类，已知其携带染色体倒位，因此为研究这一问题提供了理想系统。基于对345个个体进行低覆盖度全基因组测序获得的约700万个SNP，我们鉴定出24个推定染色体倒位，覆盖约三分之一的基因组，揭示出一种异常富含倒位的基因组结构。对倒位起源的推断表明，衍生排列分别独立起源于大西洋或地中海谱系，并且如今在杂交混合种群中共存。二次接触并未促进基因组均质化；相反，在这一富含倒位的基因组中，二次接触与谱系分化的维持相关，在持续基因流下产生了一个结构化的祖先成分镶嵌格局。这些结果表明，在富含倒位的基因组中，二次接触并不必然导致谱系融合，而独立产生的染色体重排能够持续存在，并在高扩散物种中塑造杂交混合的结果。尽管其适应性意义仍不明确，倒位的地理分布为研究种群结构与连通性提供了一个有价值的框架，并对重建过去动态、预测未来响应以及制定保护策略具有重要意义。
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持有人为作者/资助方，其已授予 bioRxiv 永久展示该预印本的许可。 本文依据 CC-BY-NC-ND 4.0 国际许可协议公开提供。
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发布于 2026年8月1日。
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Marina Puebla-Aparicio， Pierre-Alexandre Gagnaire， Alice Manuzzi， Natalia Diaz-Arce， Kenza Mokhtar-Jamai， Niall J McKeown， Federico Cali， Naiara Rodriguez-Ezpeleta
bioRxiv 2026.07.28.741196； doi： https://doi.org/10.64898/2026.07.28.741196
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富含倒位的基因组塑造了杂交混合的结果，在欧洲沙丁鱼中形成谱系特异性祖先成分的镶嵌格局
Marina Puebla-Aparicio， Pierre-Alexandre Gagnaire， Alice Manuzzi， Natalia Diaz-Arce， Kenza Mokhtar-Jamai， Niall J McKeown， Federico Cali， Naiara Rodriguez-Ezpeleta
bioRxiv 2026.07.28.741196； doi： https://doi.org/10.64898/2026.07.28.741196
📄 原文链接：https://www.biorxiv.org/content/10.64898/2026.07.28.741196v1?rss=1
🏷️ 染色体倒位 杂交与二次接触 群体基因组学 谱系分化 祖先成分镶嵌 欧洲沙丁鱼