豌豆蚜虫脑和胚胎的染色质可及性图谱鉴定了组织特异性调控元件

豌豆蚜（Acyrthosiphon pisum）是研究复杂生物性状的重要模式生物，包括翅型多态性和宿主-共生体相互作用，但其调控基因组景观仍大多未得到表征。本文首次 प्रस्तुत了豌豆蚜全基因组染色质可及性图谱，该图谱采用转座酶可及染色质测定结合测序（ATAC-seq）生成。我们对在孤居或拥挤条件下维持的有翅型和无翅型成虫脑组织以及晚期胚胎中的开放染色质区域（OCRs）进行了分析。我们还将胚胎样本中的ATAC-seq与RNA-seq配对，以考察染色质可及性与基因表达之间的关系。文库中来自蚜虫内共生体Spiroplasma和Buchnera的读段比例很高，这反映了Tn5转座酶优先插入无核小体的细菌DNA。经计算去除这些读段后，剩余的映射至蚜虫基因组的文库表现出高质量ATAC-seq数据的典型特征。我们鉴定出一套共识性的37,127个OCRs，这些区域富集于启动子和远端调控元件，并与计算预测的增强子具有显著重叠，同时富集转录因子结合基序。组织身份是染色质变异的主导驱动因素，在第一主成分上解释了85%的方差，脑与胚胎样本之间存在19,513个差异可及区域。相比之下，与翅型或拥挤处理相关的差异较小。全基因组范围内，启动子可及性与基因表达显著且呈正相关。总体而言，这些数据构成了豌豆蚜调控基因组学的基础资源，并为该具有生态和经济重要性的昆虫中基因调控的机制研究建立了框架。

作者声明不存在任何竞争性利益。

注：我们请求您的电子邮件地址，仅用于识别您为本文的发送者。

📄 原文链接：https://www.biorxiv.org/content/10.64898/2026.05.14.725175v1?rss=1

🏷️ 染色质可及性 ATAC-seq 组织特异性调控元件 豌豆蚜 增强子