mock-fastq-generator：一种合成FASTQ生成器

验证生物信息学流程并对序列处理算法进行基准测试，需要可靠的测试数据集。现有的 reads 模拟工具依赖参考基因组和经验性错误模型，因而缺乏对特定目标 DNA 构建体以及受控错误注入的细粒度控制。 mock-fastq-generator 是一个开源软件套件，既可作为可安装的 PyPI Python 包提供，也可作为独立的客户端 Web 应用程序使用。它通过将模板构建体与可定制的接头序列、可选择的质量衰减函数（高斯型、指数型、S 形）、NovaSeq 四状态质量分箱以及上下文依赖的错误惩罚相结合，构建合成 FASTQ 文件。该软件使开发人员能够在不使用专有或经验性生物数据的情况下，对序列修剪工具进行基准测试、测试比对灵敏度，并在测试套件中执行自动化质量控制流程。

验证生物信息学流程并对序列处理算法进行基准测试，需要可靠的测试数据集。现有的读段模拟工具依赖参考基因组和经验性错误谱，因而缺乏对特定目标 DNA 构建体以及受控错误注入的细粒度控制。mock-fastq-generator 是一套开源软件，既可作为可安装的 PyPI Python 软件包使用，也可作为独立的客户端网页应用程序使用。它通过将模板构建体与可定制的接头序列、可选择的质量衰减函数（高斯型、指数型、S 形）、NovaSeq 四状态质量分箱以及上下文依赖的错误惩罚相结合，构建合成 FASTQ 文件。该软件使开发人员能够在不使用专有或经验性生物数据的情况下，对序列修剪工具进行基准测试、测试比对灵敏度，并在测试套件中执行自动化质量控制流程。

📄 原文链接：https://www.biorxiv.org/content/10.64898/2026.07.28.740902v1?rss=1

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