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结构预测已经扩展到RNA领域，而生成深度比对如今成为瓶颈。我们开发了Riboseek，这是一种面向RNA和DNA的搜索与比对工具，其将序列表示为重叠的二聚体。Riboseek在同源性检测方面比BLASTN和nhmmer更敏感，并且生成比对的速度分别比nhmmer和rMSA快250倍和376倍。结合结构感知的重新比对后，其碱基配对恢复能力接近rMSA，同时速度仍快29倍。我们提供了一个网络服务器，以及170万个针对推定具有结构的RNA的预计算比对结果。Riboseek可在https://github.com/steineggerlab/riboseek免费获取。
4 捷克信息学、机器人学与控制论研究所，布拉格捷克技术大学，捷克布拉格； 在 Google Scholar 上查找该作者 在 PubMed 上查找该作者 在持有人为作者/资助方，其已授予 bioRxiv 永久展示该预印本的许可。 本文依据 CC-BY 4.0 国际许可协议 提供。
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发布于 2026 年 7 月 31 日。 下载 PDF 补充材料 数据/代码 电子邮件
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Sukhwan Park， Kieran Didi， Andrew Favor， Anton Bushuiev， Soohyun Kim， Milot Mirdita， Martin Steinegger
bioRxiv 2026.07.31.741718； doi： https://doi.org/10.64898/2026.07.31.741718
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Sukhwan Park， Kieran Didi， Andrew Favor， Anton Bushuiev， Soohyun Kim， Milot Mirdita， Martin Steinegger
bioRxiv 2026.07.31.741718； doi： https://doi.org/10.64898/2026.07.31.741718
📄 原文链接：https://www.biorxiv.org/content/10.64898/2026.07.31.741718v1?rss=1
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