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福尔马林固定石蜡包埋（FFPE）组织是临床病理学中占主导地位的样本资源，然而其是否能够真实保留器官信号传导生物学特征并支持具有方向性的调控分析，尚未得到量化评估。我们构建了来自8种健康大鼠器官的磷酸化蛋白质组图谱，并将保存方式的影响与生物学变异区分开来。利用质谱技术，我们定量了分布于受体、激酶级联通路和核调控因子中的5,994种蛋白上的54,710个磷酸化位点。器官特异性的磷酸化位点特征与已知的生理状态和增殖状态相一致。成对的拮抗性磷酸化位点被转换为“激活减抑制”指数，用以量化组织特异性的通路净活性；与此同时，“激酶-器官活性”矩阵解析了功能层级关系。与外部新鲜冷冻磷酸化蛋白质组数据集的联合分析共获得58,631个磷酸化位点，恢复了该冷冻数据集中检测到的28,888个位点中的86%。在批次校正后，器官身份解释了总变异的92%以上，而保存方法解释的变异不足0.5%。除脑组织外，各器官在不同保存模式下的磷酸化位点强度表现出高度一致性。上述结果表明，归档病理组织能够支持在器官、通路和位点分辨率层面上具有生物学真实性的磷酸化蛋白质组分析，并为利用临床档案开展回顾性信号传导研究提供了框架。
器官分辨的大鼠 FFPE 磷酸化蛋白质组图谱实现了定向激酶活性推断 | bioRxiv
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器官分辨的大鼠 FFPE 磷酸化蛋白质组图谱实现了定向激酶活性推断
Erin M Humphries，Marius Schliemann，Naomi O'Sullivan，Peter Hains，Phillip James Robinson，Bernhard Küster
doi： https://doi.org/10.64898/2026.07.28.741173
Erin M Humphries 1 慕尼黑工业大学； 在 Google Scholar 上查找该作者 在 PubMed 上查找该作者 在持有人为作者/资助方，其已授权 bioRxiv 永久展示该预印本。 本文依据 CC-BY-NC 4.0 国际许可协议提供。
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发表于 2026 年 7 月 31 日。 下载 PDF 电子邮件
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Erin M Humphries，Marius Schliemann，Naomi O'Sullivan，Peter Hains，Phillip James Robinson，Bernhard Küster
bioRxiv 2026.07.28.741173； doi： https://doi.org/10.64898/2026.07.28.741173
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器官分辨的大鼠 FFPE 磷酸化蛋白质组图谱实现了定向激酶活性推断
Erin M Humphries，Marius Schliemann，Naomi O'Sullivan，Peter Hains，Phillip James Robinson，Bernhard Küster
bioRxiv 2026.07.28.741173； doi： https://doi.org/10.64898/2026.07.28.741173
📄 原文链接：https://www.biorxiv.org/content/10.64898/2026.07.28.741173v1?rss=1
🏷️ FFPE组织 磷酸化蛋白质组 质谱分析 激酶活性推断 器官特异性信号传导