- 11 次围观
单细胞蛋白质组学（single-cell proteomics, SCP）目前缺乏经过验证的基准标准，细胞注释往往依赖于转录组学代理。无监督聚类提供了一种无需代理的替代方案，但其成功依赖于生物学信号强于技术变异。在同质性样本中，这一点是可以实现的；但在异质性群体中，尤其是当关系密切的细胞类型之间仅存在细微差异时，技术变异可能主导聚类过程，从而掩盖细胞注释所需的生物学信息。 为了解决这一问题，我们开发了一套用于蛋白质水平细胞注释的实验与计算整合流程，并将其应用于人外周血单个核细胞（PBMCs），作为免疫细胞测试案例。我们通过阴性选择分选分离了T细胞、B细胞、单核细胞和NK细胞，以构建高保真参考数据集。与此同时，对来自同一供体的未经分选的PBMCs在cellenONE平台上进行处理，并使用Orbitrap Astral Zoom上的无标记DIA进行采集。利用带标签的参考数据，我们系统地对归一化、插补和聚类方法进行了基准评估，以考察其对细胞类型分离效果的影响。无监督分析解析出了各谱系内部的功能性亚群，而基于这些注释训练的概率型SCP分类器则在未经富集、具有异质性的PBMC组分中识别出了相应的细胞类型和状态，从而验证了该流程在复杂样本中的适用性。 总之，本研究提供了一套经过分析学基准验证的SCP工作流程，能够解析人PBMCs中的免疫谱系及细胞状态异质性，并提供了一个可用于分类器构建的蛋白质水平参考框架，以实现免疫细胞归属判定。
通过基于质谱的单细胞蛋白质组学解析人PBMC中的免疫谱系与细胞状态异质性 | bioRxiv
跳转至主要内容
首页 关于 投稿 提醒 / RSS 搜索此关键词 高级搜索 新结果
通过基于质谱的单细胞蛋白质组学解析人PBMC中的免疫谱系与细胞状态异质性
Samantha A O'Connor，Romell B Gletten，Ritin Sharma，Zoe N Jensen，Brooke Lovell，Krystine Garcia-Mansfield，Lucy Y Ghoda，Bin Zhang，David E Frankhouser，Russell C Rockne，Jeffrey M Trent，Guido Marcucci，Patrick Pirrotte
doi： https://doi.org/10.64898/2026.07.29.741525
Samantha A O'Connor 1 美国亚利桑那州菲尼克斯，转化基因组研究所，早期检测与预防部；
在 Google Scholar 上查找该作者 在 PubMed 上查找该作者 在持有人为作者/资助方，其已授予 bioRxiv 永久展示该预印本的许可。 本文依据 CC-BY-NC-ND 4.0 国际许可协议提供。
返回顶部
上一篇 下一篇
发布于 2026 年 7 月 30 日。
下载 PDF 电子邮件
感谢您有兴趣传播 bioRxiv 的信息。 您的电子邮件 * 您的姓名 * 发送至 * 请输入多个地址，每行一个，或以逗号分隔。
您将要通过电子邮件发送以下内容 通过基于质谱的单细胞蛋白质组学解析人PBMC中的免疫谱系与细胞状态异质性
邮件主题 （您的姓名）已从 bioRxiv 转发了一个页面给您
邮件正文 （您的姓名）认为您可能希望查看 bioRxiv 网站上的此页面。
您的个人留言
验证码
此问题用于测试您是否为人工访客，并防止自动垃圾信息提交。
分享
通过基于质谱的单细胞蛋白质组学解析人PBMC中的免疫谱系与细胞状态异质性
Samantha A O'Connor，Romell B Gletten，Ritin Sharma，Zoe N Jensen，Brooke Lovell，Krystine Garcia-Mansfield，Lucy Y Ghoda，Bin Zhang，David E Frankhouser，Russell C Rockne，Jeffrey M Trent，Guido Marcucci，Patrick Pirrotte
bioRxiv 2026.07.29.741525； doi： https://doi.org/10.64898/2026.07.29.741525
分享本文： 复制
引用工具
通过基于质谱的单细胞蛋白质组学解析人PBMC中的免疫谱系与细胞状态异质性
Samantha A O'Connor，Romell B Gletten，Ritin Sharma，Zoe N Jensen，Brooke Lovell，Krystine Garcia-Mansfield，Lucy Y Ghoda，Bin Zhang，David E Frankhouser，Russell C Rockne，Jeffrey M Trent，Guido Marcucci，Patrick Pirrotte
bioRxiv 2026.07.29.741525； doi： https://doi.org/10.64898/2026.07.29.741525
📄 原文链接：https://www.biorxiv.org/content/10.64898/2026.07.29.741525v1?rss=1
🏷️ 单细胞蛋白质组学 PBMC 免疫细胞注释 质谱分析 细胞异质性 分类器构建