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新型血清肽组学为蛋白水解活性、组织损伤和系统性信号传导提供了直接洞察。然而，现有流程存在肽段产量低、通量低以及低丰度物种回收有限等问题。本文提出一种天然血清肽组学流程，将温和酸处理、结合分子量截留过滤的固相萃取以及数据非依赖采集质谱（DIA MS）整合于一体。该流程仅需少于100微升的血清或血浆，可在数小时内完成，具有时间和成本效率高的优势，并且无需专用设备即可兼容96孔板格式。将该流程应用于急性缺血性卒中（AIS）、脑出血（ICH）患者及健康对照的概念验证队列，鉴定出超过12,000条肽段，较现有肽组学方法提高超过三倍阈值。跨独立批次的DIA MS分析显示78%至83%的肽段重叠率，并且变化倍数方向一致。我们进一步提出肽位点分析（peptide locus analysis），将定义蛋白区域内重叠的肽段进行聚合。该方法揭示了单个前体蛋白内部的双向调控，例如纤维蛋白原α链（FIBA），从而解析了蛋白内蛋白水解动力学。来自TYB4、CO4B和ITIH4蛋白的三条候选肽段可准确区分卒中亚型与对照，同时在不同卒中之间观察到肽段理化性质的特征性变化。该流程显著提升了血清肽组学在定量多生物标志物发现与验证中的灵敏度、通量和生物学分辨率，其输出有望有效支持旨在诊断、预后、预测和监测新维度的AI/ML模型实施。
急性缺血性与出血性卒中中，新的天然血清肽组学工作流程可实现循环亚型特异性肽生物标志物的发现 | bioRxiv
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急性缺血性与出血性卒中中，新的天然血清肽组学工作流程可实现循环亚型特异性肽生物标志物的发现
Sachin Kote， Jakub Faktor， Marc Muller， Artur Pirog， Paulina Czaplewska， Bartosz Karaszewski， Ted Hupp， Natalia Trzonkowska
doi： https://doi.org/10.64898/2026.07.26.740776
Sachin Kote 1 格但斯克大学国际癌症疫苗科学中心； 在 Google Scholar 上查找该作者 在 PubMed 上查找该作者 在持有人为作者/资助方，其已授予 bioRxiv 永久展示该预印本的许可。 保留所有权利。未经许可不得转载使用。
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发表于 2026年7月29日。
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Sachin Kote， Jakub Faktor， Marc Muller， Artur Pirog， Paulina Czaplewska， Bartosz Karaszewski， Ted Hupp， Natalia Trzonkowska
bioRxiv 2026.07.26.740776； doi： https://doi.org/10.64898/2026.07.26.740776
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急性缺血性与出血性卒中中，新的天然血清肽组学工作流程可实现循环亚型特异性肽生物标志物的发现
Sachin Kote， Jakub Faktor， Marc Muller， Artur Pirog， Paulina Czaplewska， Bartosz Karaszewski， Ted Hupp， Natalia Trzonkowska
bioRxiv 2026.07.26.740776； doi： https://doi.org/10.64898/2026.07.26.740776
📄 原文链接：https://www.biorxiv.org/content/10.64898/2026.07.26.740776v1?rss=1
🏷️ 天然血清肽组学 急性缺血性卒中 出血性卒中 循环肽生物标志物 数据非依赖采集质谱 肽位点分析