类似物内源重编码在无需化学转化的情况下测量RNA动态

稳态 RNA 丰度测量掩盖了塑造基因表达的合成与降解速率。模拟内源性重编码测序（analog intrinsic recoding sequencing，AIR-seq）重新利用了 N4-羟基胞苷（NHC）的碱基配对特性，在标准 RNA-seq 文库中以 C-to-T 和 T-to-C 错配标记新近合成的 RNA，从而避免了 RNA 代谢标记方法中常见的化学转化和富集步骤。NHC-AIR-seq 能够解析总体样本和单细胞水平的 RNA 动态，改进 RNA velocity 推断，揭示隐藏的调控机制，并将 RNA 动力学纳入常规转录组学工作流程。

稳态RNA丰度测量掩盖了决定基因表达的合成与降解速率。模拟内源重编码测序（analog intrinsic recoding sequencing，AIR-seq）重新利用了N4-羟基胞苷（NHC）的碱基配对特性，在标准RNA-seq文库中以C-to-T和T-to-C错配标记新合成的RNA，从而避免了RNA代谢标记方法中常见的化学转化和富集步骤。NHC-AIR-seq能够解析群体水平和单细胞水平的RNA动态，改善RNA velocity推断，揭示隐藏的调控机制，并将RNA动力学纳入常规转录组学工作流程。

L.S.C.和E.M.是哈佛大学就本手稿所报道的AIR-seq提交的专利申请的发明人。L.S.C.担任OpenAI顾问，但与本研究无关。

📄 原文链接：https://www.biorxiv.org/content/10.64898/2026.07.27.741041v1?rss=1

🏷️ RNA动态 RNA测序 单细胞转录组 RNA velocity 代谢标记