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相关生物体之间基因组结构的比较，对于理解基因组进化、基因家族动态以及表型变异的基因组基础至关重要。共线性（synteny）即基因沿染色体保守共定位的现象，最适合通过可视化方式进行解读；然而，许多现有的共线性可视化工具需要本地软件安装、命令行操作能力和/或专用服务器基础设施，并且生成的是无法进行交互式探索的静态图像。本文介绍了 SyntenyPair Explorer，这是一种轻量级、无需安装的工具，用于两个基因组之间共线性的交互式可视化。该应用程序作为单个自包含的 HTML 文件，完全在标准网页浏览器中运行，无任何外部依赖，也不包含服务器端组件。SyntenyPair Explorer 可接受比较基因组学常用工作流程已生成的标准文件格式，包括 FASTA 基因组组装文件（用于计算可选的组装摘要统计信息）、GFF3/GTF 基因注释文件，以及 BLAST 表格输出文件（outfmt 6）或 MCScanX collinearity 文件。共线性关系通过关系文件与基因注释之间的基因标识符匹配进行解析，因此每一条关系都对应于一个离散的基因对基因连接。其交互功能包括连续缩放与平移、基因搜索及自动将配对基因组居中到其共线对应基因、共线性区块着色、高度可定制的基因高亮与注释标注、会话保存与恢复，以及具备发表质量的图像导出。本文通过可视化工业上具有重要意义的真菌米曲霉（Aspergillus oryzae）两个菌株之间 α-淀粉酶位点的结构差异，对该工具进行了演示。SyntenyPair Explorer 降低了交互式共线性可视化的技术门槛，并以 MIT 许可证免费提供，代码库地址为 https://github.com/GibbonsLabGenomics/SyntenyPair-Explorer，基于浏览器的在线版本地址为 https://gibbonslabgenomics.github.io/SyntenyPair-Explorer/。
相关生物体之间基因组结构的比较，是理解基因组进化、基因家族动态以及表型变异基因组学基础的核心。共线性（synteny）即基因在染色体上保守的共定位，最适于通过可视化方式进行解释；然而，许多现有的共线性可视化工具需要本地软件安装、命令行操作能力和/或专用服务器基础设施，并且生成的是无法进行交互式探索的静态图像。本文介绍 SyntenyPair Explorer，这是一种轻量级、无需安装的工具，用于两个基因组之间共线性的交互式可视化。该应用完全在标准网络浏览器中运行，以单个自包含的 HTML 文件形式提供，无需任何外部依赖，也不包含任何服务器端组件。SyntenyPair Explorer 接受比较基因组学常用工作流程中已产生的标准文件格式，包括 FASTA 基因组组装文件（用于计算可选的组装汇总统计量）、GFF3/GTF 基因注释文件，以及 BLAST 表格输出文件（outfmt 6）或 MCScanX 共线性文件。共线性关系通过关系文件与基因注释之间的基因标识符匹配进行解析，因此每一个关系都对应一个离散的基因对基因连接。其交互功能包括连续缩放和平移、基因搜索及自动将配对基因组居中到其共线对应基因、共线性区块着色、高度可定制的基因高亮与注释标注、会话保存与恢复，以及可用于发表的高质量图像导出。本文通过对工业上具有重要意义的真菌米曲霉（Aspergillus oryzae）两个菌株之间 α-淀粉酶位点结构差异的可视化，展示了该工具的应用。SyntenyPair Explorer 降低了交互式共线性可视化的技术门槛，并依据 MIT 许可证免费提供，项目地址为 https://github.com/GibbonsLabGenomics/SyntenyPair-Explorer，在线浏览器版本地址为 https://gibbonslabgenomics.github.io/SyntenyPair-Explorer/。
📄 原文链接：https://www.biorxiv.org/content/10.64898/2026.07.23.740353v1?rss=1
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