无容器声学悬浮通过减轻尺寸依赖性肽损失扩展了血浆细胞外囊泡蛋白质组的覆盖范围

源自血浆的细胞外囊泡（EV）蛋白质组学分析在一定程度上受限于样品制备过程中肽和蛋白质吸附至容器壁所导致的损失。在本研究中，我们将一种自动化、环境可控的声学悬浮平台（Levcell）应用于对从混合乳腺癌患者血浆中分离得到的小型细胞外囊泡（sEVs）进行胰蛋白酶消化，并将其与在低吸附微量离心管中进行的消化方法直接比较。在每种方法各3个平行技术重复中，无容器消化共鉴定出309 ± 22个蛋白质组，而离心管法鉴定出261 ± 6个（增加18.4%；Welch t检验 p = 0.053），且具有相当或更优的定量重复性（中位变异系数CV分别为12.0%和14.4%）。这种增益表现出显著的不对称性：有66个蛋白质组仅在悬浮条件下被检出，而仅有10个蛋白质组仅在离心管中被检出（精确McNemar检验 p = 3 * 10e-11）。仅通过悬浮回收的肽段比仅在离心管中回收的肽段更长且分子量更大（中位数分别为14比12个氨基酸残基、1611比1358 Da；p

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无容器声学悬浮通过减轻肽段的尺寸依赖性损失扩展血浆细胞外囊泡蛋白质组覆盖范围

Edward Huang， Chang Liu， Kent Hoskins， Yu Gao

doi： https://doi.org/10.64898/2026.07.25.740687

Edward Huang 伊利诺伊大学芝加哥分校

Chang Liu 伊利诺伊大学芝加哥分校

Kent Hoskins 伊利诺伊大学芝加哥分校

Yu Gao 伊利诺伊大学芝加哥分校

Yu Gao 的 ORCID 记录

通讯作者： yugao{at}uic.edu

摘要

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摘要

来源于血浆的细胞外囊泡（EVs）的蛋白质组学分析在一定程度上受到样品制备过程中肽和蛋白质吸附到容器壁所致损失的限制。在持有人为作者/资助方，其已授予 bioRxiv 许可，永久展示该预印本。 本文依据 CC-BY-NC-ND 4.0 国际许可协议公开提供。

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发布于 2026 年 7 月 27 日。

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Edward Huang， Chang Liu， Kent Hoskins， Yu Gao

bioRxiv 2026.07.25.740687； doi： https://doi.org/10.64898/2026.07.25.740687

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无容器声学悬浮通过减轻肽段的尺寸依赖性损失扩展血浆细胞外囊泡蛋白质组覆盖范围

Edward Huang， Chang Liu， Kent Hoskins， Yu Gao

bioRxiv 2026.07.25.740687； doi： https://doi.org/10.64898/2026.07.25.740687

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📄 原文链接：https://www.biorxiv.org/content/10.64898/2026.07.25.740687v1?rss=1

🏷️ 细胞外囊泡 血浆蛋白质组学 声学悬浮 无容器样品制备 肽吸附损失 乳腺癌