常规FFPE切片支持六种人类癌症类型中具有临床适用性的单核转录组学

肿瘤的细胞组成，包括恶性细胞状态、免疫细胞群体和基质细胞群体，正日益被认为是决定抗癌药物治疗反应及耐药性的关键因素；然而，全面的细胞谱系分析在很大程度上仍局限于科研环境。在此，我们提出了一种与临床兼容的、可从常规福尔马林固定石蜡包埋（FFPE）临床样本进行肿瘤组成分析的“从样本到报告”工作流程。通过将低输入单核RNA测序与基于基础模型的自动化细胞注释相结合，该工作流程能够在无需专门科研材料或基于队列的处理条件下，实现前瞻性的逐样本分析。在涵盖6种癌症类型的116份临床样本中，我们获得了可重复的细胞组成测量结果和细胞类型特异性的基因表达数据，证实了较高的技术重复性，并显示出与病理学对免疫浸润评估结果的一致性。该工作流程同样适用于存档FFPE材料和超低输入活检样本。综上，这些发现建立了一个可用于标准病理样本常规单细胞分析的实用框架，并为将细胞组合作为精准肿瘤学中临床生物标志物进行前瞻性评估开辟了前景。

肿瘤的细胞组成，包括恶性细胞状态、免疫细胞群体和基质细胞群体，日益被认为是决定抗癌药物治疗应答及耐药性的关键因素；然而，全面的细胞谱系分析在很大程度上仍局限于科研环境。在此，我们提出了一种与临床兼容的、从样本到报告的肿瘤组成分析流程，可基于常规福尔马林固定石蜡包埋（FFPE）临床标本开展分析。通过将低输入单核RNA测序与基于基础模型的自动化细胞注释相结合，该流程能够在无需专门科研材料或基于队列的集中处理条件下，实现前瞻性的逐样本分析。在涵盖六种癌症类型的116份临床标本中，我们获得了可重复的细胞组成测量结果和细胞类型特异性的基因表达数据，证明了较高的技术重复性，并显示出与病理学免疫浸润评估的一致性。该流程同样适用于存档FFPE材料和超低输入活检标本。综上，这些发现建立了一个可用于标准病理标本常规单细胞分析的实用框架，并为将细胞组成作为精准肿瘤学中的临床生物标志物进行前瞻性评估打开了前景。

CV是One Biosciences的联合创始人。作者声明，已就本文报告的工作提交了相关专利申请。

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📄 原文链接：https://www.biorxiv.org/content/10.64898/2026.07.23.740343v1?rss=1

🏷️ FFPE样本 单核RNA测序 肿瘤微环境 细胞类型注释 精准肿瘤学