VizR：植物生物学中用于端到端 RNA-Seq 分析与可视化的交互式网络平台

RNA测序（RNA-seq）被广泛用于研究植物生物学中的转录程序，然而，将原始测序读段转化为具有生物学可解释性的结果，仍然需要结合多个专门工具和生物信息学专业知识，这对许多植物生物学家而言仍是一个主要的技术障碍。本文提出VizR（VIsualiZation of Rna seq），这是一个基于Web的平台，在单一集成环境中整合了端到端的RNA-seq分析与可视化。 VizR可自动完成上游处理流程，包括质量控制、接头修剪、基因组比对和转录本定量，并将所得表达数据连接到下游探索性分析。其界面设计旨在使表达模式能够被即时检索和解释：用户可以通过一种均衡器风格的表达模式界面查询基因，使用嵌入基因表中的行内热图检查表达谱，并在整个工作流程中执行上下文集成的基因本体分析。VizR还通过交互式维恩图模块支持比较分析，使用户能够直接从结果表中转移基因集。作为一种基于Docker的应用程序，VizR可以在本地部署，并通过标准Web浏览器访问。通过统一自动化RNA-seq处理、交互式可视化和功能解释，VizR降低了转录组分析的技术门槛，并为植物生物学研究提供了一个实用平台。

RNA测序（RNA-seq）被广泛用于研究植物生物学中的转录程序，然而，将原始测序读段转换为具有生物学可解释性的结果，通常需要结合多种专门工具和生物信息学专业知识，这对于许多植物生物学家而言仍然是一个重大的技术障碍。在此，我们提出VizR（VIsualiZation of Rna seq），这是一个基于网页的平台，可在单一集成环境中整合端到端的RNA-seq分析与可视化。VizR可自动执行上游处理流程，包括质量控制、接头去除、基因组比对和转录本定量，并将所得表达数据连接到下游探索性分析。其界面设计旨在使表达模式能够被即时检索和解释：用户可以通过一种类似均衡器的表达模式界面查询基因，利用嵌入基因表格中的行内热图检查表达谱，并在整个工作流程中执行上下文整合的基因本体分析。VizR还通过交互式维恩图模块支持比较分析，使用户能够直接从结果表中转移基因集。作为一种基于Docker的应用程序，VizR可以在本地部署，并通过标准网页浏览器访问。通过统一自动化RNA-seq处理、交互式可视化和功能解释，VizR降低了转录组分析的技术门槛，并为植物生物学研究提供了一个实用的平台。

📄 原文链接：https://www.biorxiv.org/content/10.64898/2026.07.24.740467v1?rss=1

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