全线粒体基因组测序揭示了独特的单倍型多样性及精细尺度遗传结构的缺失：以易危河口龟钻纹龟（Malaclemys terrapin）为案例研究

在评估用于保护的种群结构模式时，一个核心目标是识别具有独特遗传组成的种群。利用基因组测序识别不同种群，已成为划定保护单元日益流行的方法。与测序相关成本的降低，使得生成规模更大、信息量更丰富的数据集成为可能，从而能够评估种群内部及种群之间的遗传多样性。对于表现出巢址归巢性的物种，遗传种群结构可能在更精细的尺度上形成，尤其体现在母系遗传的线粒体基因组中。我们展示了利用完整线粒体基因组测序评估种群遗传结构的可行性及其所获得的洞见，并将其与某一易危龟类先前基于单一标记的研究进行了比较。 我们利用背钻纹龟（Malaclemys terrapin）的完整线粒体基因组序列，评估巢址归巢性是否在莫比尔湾西部（美国阿拉巴马州）不同的 M. terrapin 繁殖海滩之间产生精细尺度的遗传结构。随后，我们比较了阿拉巴马种群与来自大西洋沿岸和墨西哥湾沿岸的 M. terrapin 种群之间的单倍型多样性，并评估了使用完整线粒体基因组而非部分位点来表征独特单倍型多样性的效用。我们发现，在阿拉巴马州内部并不存在与巢址归巢性相关的遗传结构，但该区域的单倍型与其他墨西哥湾沿岸地点的单倍型均不共享。这种遗传结构与莫比尔湾西部相对于整个墨西哥湾范围内较强的雌性出生地归巢性相一致，并表明莫比尔湾种群相较于其他 M. terrapin 种群在遗传上具有独特性，因此值得制定独特的保护与管理方案。

在评估用于保护的种群结构模式时，一个核心目标是识别具有独特遗传组成的种群。利用基因组测序识别不同种群，已成为划定保护单元的一种日益流行的方法。与测序相关的成本降低，使得生成规模更大、信息量更丰富的数据集成为可能，从而评估种群内部及种群间的遗传多样性。对于表现出巢址归返性的物种，遗传种群结构可能在更精细的尺度上出现，尤其是在母系遗传的线粒体基因组中。我们展示了利用完整线粒体基因组测序评估种群遗传结构的可行性及其所带来的认识增益，并将其与某一易危龟类先前基于单一标记的研究进行了比较。

我们利用菱背钻纹龟（Malaclemys terrapin）的完整线粒体基因组序列，评估巢址归返性是否在阿拉巴马州西部莫比尔湾的 M. terrapin 产卵海滩之间产生精细尺度的遗传结构。随后，我们比较了阿拉巴马种群与大西洋海岸和墨西哥湾海岸 M. terrapin 种群之间的单倍型多样性，并评估了使用完整线粒体基因组而非部分位点来表征独特单倍型多样性的效用。我们发现，在阿拉巴马州内部并不存在与巢址归返性相关的遗传结构，但该地区的单倍型没有一个与其他墨西哥湾海岸地点共享。这种遗传结构与西部莫比尔湾内相对于整个墨西哥湾所表现出的强烈雌性出生地归返性相一致，并表明莫比尔湾种群相对于其他 M. terrapin 种群在遗传上是独特的，因此值得制定专门的保护与管理方案。

📄 原文链接：https://www.biorxiv.org/content/10.64898/2026.07.23.740242v1?rss=1

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