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DNA条形码鉴定涉及从来源标本中获取目标基因区域的DNA序列。当从单个标本中回收出多个序列时，这一过程会变得更加复杂；而在采用高通量测序仪生成数据时，这种情况十分常见。这种序列多样性既可能反映方法学伪影（如嵌合体、PCR错误、测序错误、标签跳跃），也可能反映DNA提取物中真实的模板多样性（如污染、内共生体、NUMTs、寄生生物）。为支持每年对300万个标本的序列数据进行分析，生物多样性基因组中心（Centre for Biodiversity Genomics, CBG）开发了BIP，即条形码推断流程（Barcode Inference Pipeline）。BIP兼容所有测序平台，可处理.fastq文件，并返回目标DNA条形码和非目标序列。为生成分析结果，BIP实施了质量和长度过滤、去混样、引物修剪、嵌合体扫描、序列错误校正、OTU界定以及序列鉴定。当分析目标为细胞色素c氧化酶亚基1（cytochrome c oxidase 1, COI）条形码区域时，BIP还会将每个OTU分配到已知的BIN，或识别其最近邻BIN。作为最终输出，BIP返回可直接上传至BOLD或用于其他下游分析的汇总文件。这些文件包括通过与DNA条形码参考文库比对而生成的每个OTU的分类学注释。我们描述了BIP的灵活性和结构，随后通过分析来自10万个标本的COI序列数据展示其功能。由于具备区分目标序列与非目标序列的能力，BIP在若干重要方面优于另一软件包ONTbarcoder。为便于获取、安装和使用，BIP以Docker容器形式提供（github.com/cbg-innov/BIP）。
DNA条形码技术涉及从其来源标本中恢复目标基因区域的DNA序列。当从单个标本中恢复出多条序列时，这一过程会变得更加复杂；而在采用高通量测序仪生成数据时，这种情况通常较为常见。这种序列多样性既可能反映方法学伪影（例如嵌合体、PCR错误、测序错误、标签跳跃），也可能反映DNA提取物中模板的真实多样性（例如污染、内共生体、NUMTs、寄生物）。为支持每年对300万个标本的序列数据进行分析，生物多样性基因组中心（Centre for Biodiversity Genomics, CBG）开发了BIP，即条形码推断流程（Barcode Inference Pipeline）。BIP兼容所有测序平台，可处理.fastq文件，并返回目标DNA条形码及非目标序列。为生成分析结果，BIP执行质量与长度过滤、样本拆分、引物剪切、嵌合体扫描、序列错误校正、OTU划分以及序列鉴定。当分析目标为细胞色素c氧化酶亚基1（cytochrome c oxidase 1, COI）条形码区域时，BIP还会将每个OTU分配至一个已知BIN，或识别其最近邻BIN。作为最终输出，BIP返回可直接上传至BOLD或用于其他下游分析的汇总文件。其中包括通过与DNA条形码参考文库比对而生成的每个OTU的分类学注释。我们描述了BIP的灵活性和结构，随后通过分析来自10万个标本的COI序列数据展示其功能。由于具备区分目标序列与非目标序列的能力，BIP在若干重要方面优于另一款软件包ONTbarcoder。为便于获取、安装和使用，BIP以Docker容器形式提供（github.com/cbg-innov/BIP）。
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📄 原文链接：https://www.biorxiv.org/content/10.64898/2026.07.21.739876v1?rss=1
🏷️ DNA条形码 高通量测序 生物信息学流程 COI基因 OTU界定 序列鉴定