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单细胞测序推动了细胞—细胞通信研究的发展，然而，大多数方法侧重于细胞间的配体—受体相互作用，却忽视了下游细胞内信号级联过程，以及下游靶基因本身编码配体、从而在多个细胞之间传播通信的可能性。我们提出了 IntraTalker+CrossTalkeR，该方法可从多模态单细胞数据中联合解析细胞内（IntraTalker）与细胞间（CrossTalkeR）信号传导。 IntraTalker 推断细胞类型特异性的转录因子活性，并构建受体组（receptomes），将受体与下游靶基因连接起来，随后再与 CrossTalkeR 中的配体—受体预测结果进行整合。为优先识别关键信号受体，该框架执行受体的 in silico 扰动分析。在小鼠骨髓数据集中，该方法恢复了 Il1r1 受体驱动髓系祖细胞状态变化的已知功能。在人类心肌梗死数据集中，它预测了 IGF1R 信号传导在驱动成纤维细胞向祖细胞样成纤维细胞状态分化中的一种新作用。
2 德国亚琛，亚琛工业大学医学院，肾脏病学与临床免疫学科
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发布于 2026 年 7 月 22 日。
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IntraTalker - 在细胞串扰中建模细胞内信号传导
Vanessa Kloker ， James S. Nagai ， Zihao Feng ， Lampros Mavrommatis ， Larissa Hermanns ， Jacqueline M. J. Moscoso ， Mayra Ruiz ， Christoph Kuppe ， Ivan G. Costa
bioRxiv 2026.07.17.739174； doi： https://doi.org/10.64898/2026.07.17.739174
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IntraTalker - 在细胞串扰中建模细胞内信号传导
Vanessa Kloker ， James S. Nagai ， Zihao Feng ， Lampros Mavrommatis ， Larissa Hermanns ， Jacqueline M. J. Moscoso ， Mayra Ruiz ， Christoph Kuppe ， Ivan G. Costa
bioRxiv 2026.07.17.739174； doi： https://doi.org/10.64898/2026.07.17.739174
📄 原文链接：https://www.biorxiv.org/content/10.64898/2026.07.17.739174v1?rss=1
🏷️ 单细胞多组学 细胞间通信 细胞内信号传导 受体组建模 转录因子活性 计算方法开发