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外生菌根（ECM）共生关系从腐生祖先中反复演化而来，并伴随着植物细胞壁降解酶（PCWDE）库的收缩，这一模式已由基因计数研究所确立。然而，仅凭基因数量本身，无法判断 ECM 真菌所保留的 PCWDE 是否仍然具有功能。 基于 182 个真菌基因组的数据，这些基因组涵盖 ECM 真菌和自由生活的分解者，我们区分了基因计数所混淆的两个过程：基因的丢失，以及对那些仍被保留基因的选择压力松弛。催化残基评分显示，ECM 保留的 PCWDE 中有 83–96% 在结构上是完整的，但这一现象在所有生活方式中都同样存在，因此对于 ECM 本身并无特异性信息。 因此，我们采用 HyPhy RELAX 直接检验选择机制，并利用系统发育广义最小二乘法（PGLS）检验基因减少。在专一性纤维素降解纤维二糖水解酶 GH6 和 GH7 以及果胶酶 GH28 中，ECM 分支上的选择压力显著松弛（松弛参数 K = 0.46–0.87；P外生菌根真菌中保留的植物细胞壁降解酶在宽松选择与趋同丢失作用下发生退化 | bioRxiv
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外生菌根真菌中保留的植物细胞壁降解酶在宽松选择与趋同丢失作用下发生退化
Kim MinSeo ， Jae-Ho Shin
doi： https://doi.org/10.64898/2026.07.20.739482
Kim MinSeo
庆北国立大学
在 Google Scholar 上查找该作者 在 PubMed 上查找该作者 在本站搜索该作者
通讯作者： 2023024947{at}knu.ac.kr
Jae-Ho Shin
庆北国立大学
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摘要
外生菌根（ECM）共生关系由腐生祖先反复演化而来，并伴随着植物细胞壁降解酶（PCWDE）谱系的收缩，这一模式已由基因计数结果所确立。然而，仅凭计数本身无法判断 ECM 真菌所保留的 PCWDE 是否仍具功能。我们利用涵盖 ECM 真菌与自由生活分解者的 182 个真菌基因组，将基因计数所混合的两个过程区分开来：基因的丢失，以及对仍然保留基因的选择压力松弛。催化残基评分显示，ECM 保留的 PCWDE 中有 83–96% 是完整的，但这一现象在所有生活方式中都存在，因此对 ECM 本身并无特异性信息。为此，我们采用 HyPhy RELAX 直接检验选择机制，并采用系统发育广义最小二乘法（PGLS）检验基因缩减。在专一性的纤维素纤维二糖水解酶 GH6 和 GH7 以及果胶酶 GH28 中，ECM 分支上的选择压力显著松弛（松弛参数 K = 0.46–0.87；P
利益冲突声明
脚注
https://github.com/sunsungkim04-sys/ecm-pcwde-erosion
https://doi.org/10.5281/zenodo.21449619
版权
本预印本的。
本文依据 CC-BY 4.0 国际许可协议 公开提供。
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发布于 2026 年 7 月 22 日。
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外生菌根真菌中保留的植物细胞壁降解酶在宽松选择与趋同丢失作用下发生退化
Kim MinSeo ， Jae-Ho Shin
bioRxiv 2026.07.20.739482； doi： https://doi.org/10.64898/2026.07.20.739482
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外生菌根真菌中保留的植物细胞壁降解酶在宽松选择与趋同丢失作用下发生退化
Kim MinSeo ， Jae-Ho Shin
bioRxiv 2026.07.20.739482； doi： https://doi.org/10.64898/2026.07.20.739482
📄 原文链接：https://www.biorxiv.org/content/10.64898/2026.07.20.739482v1?rss=1
🏷️ 外生菌根真菌 植物细胞壁降解酶 选择压力松弛 趋同基因丢失 真菌基因组比较