GeneAutomate：一种基于浏览器、整数索引的平台，用于双基因列表功能注释和交互式网络可视化

对两个基因列表的比较性解释，例如两个处理组、两种组织，或一个发现队列与一个验证队列，是功能基因组学中的常规任务。尽管已有若干工具支持双列表比较（如 EnrichmentMap、RRHO 软件包），但它们通常需要本地软件安装、R/Bioconductor，或手动整合分别生成的单列表输出。当前最广泛使用的基于网络的富集分析工具（DAVID、g:Profiler、Enrichr、ShinyGO、WebGestalt）均围绕一次分析单个基因列表而设计；而那些支持比较的工具，往往缺乏交互式、可直接用于发表的可视化，或依赖服务器端查询延迟。本文介绍 GeneAutomate，这是一款专为两个基因列表并列比较而构建的浏览器端工具。GeneAutomate 使用精确超几何检验并结合 Benjamini-Hochberg 假发现率校正，对 Gene Ontology（GO）和 Reactome 执行过度表示分析（ORA）；当提供排序后的（log2 fold-change）输入时，还可进行基因集富集分析（GSEA）；同时从 BioGRID 的物理相互作用数据中提取蛋白-蛋白相互作用（PPI）子图。所有参考数据（Gene Ontology、Reactome、BioGRID 以及 NCBI/Ensembl 标识符交叉引用）均在离线状态下预先编译为一个约 32 MB 的单一整数索引数据库，面向 Homo sapiens，其中每个基因标识符——Ensembl ID、Entrez ID、官方符号或别名——在任何用户查询之前都会被解析为一个规范整数。该设计将运行时路径中的实时数据库往返请求移除，从而无需安装或服务器端逐次查询瓶颈，即可实现快速、桌面端的富集分析。该工具渲染十三种基于 D3.js 和 Cytoscape.js 的交互式比较可视化，包括 Rank-Rank Hypergeometric Overlap（RRHO）热图、GO-slim “Radar/Spider” 功能指纹，以及弦图/边捆绑交叉对话图，据我们所知，任何现有学术或商业 ORA/GSEA 平台都未将其作为一套集成方案提供。GeneAutomate 是一个未获资助、由单个学生在教授反馈下开发的项目，目前处于开发的最后阶段。它无需安装或登录。本文描述了该工具的架构、统计方法，以及相较于已建立的学术工具（DAVID、ShinyGO、g:Profiler、Enrichr、WebGestalt、STRING、PANTHER、GeneMANIA、Cytoscape、clusterProfiler、GSEA、Metascape）和商业平台（IPA、MetaCore、Pathway Studio、iPathwayGuide、Partek Pathway）的比较特性，并坦诚说明了当前版本的限制，这些限制计划在下一个版本中增加修正：仅支持单一物种（人类），不提供上游调控因子分析，且当前比较仅限于两个（偶尔三个）并行列表。GeneAutomate 可在 https://geneautomate.tech/ 获取。

GeneAutomate：一种基于浏览器、整数索引的平台，用于双基因列表功能注释和交互式网络可视化 | 注意：仅为将您识别为本文发送者，才会请求您的电子邮件地址。 您的电子邮件 * 您的姓名 * 发送至 * 请输入多个地址，每行一个，或用逗号分隔。 您将向以下对象发送电子邮件 GeneAutomate：一种基于浏览器、整数索引的平台，用于双基因列表功能注释和交互式网络可视化 消息主题 （您的姓名）已从 bioRxiv 向您转发了一页 消息正文 （您的姓名）认为您可能会想看看 bioRxiv 网站上的这一页面。 您的个人消息 验证码 此问题用于测试您是否为真人访问者，并防止自动垃圾邮件提交。 分享 GeneAutomate：一种基于浏览器、整数索引的平台，用于双基因列表功能注释和交互式网络可视化 Rudra Pratap Singh Jr. ， Amrendra Kumar bioRxiv 2026.07.16.738882； doi： https://doi.org/10.64898/2026.07.16.738882 分享本文： 复制 引文工具 GeneAutomate：一种基于浏览器、整数索引的平台，用于双基因列表功能注释和交互式网络可视化 Rudra Pratap Singh Jr. ， Amrendra Kumar bioRxiv 2026.07.16.738882； doi： https://doi.org/10.64898/2026.07.16.738882

📄 原文链接：https://www.biorxiv.org/content/10.64898/2026.07.16.738882v1?rss=1

🏷️ 双基因列表比较 功能富集分析 基因本体论 通路富集 蛋白互作网络 RRHO可视化