追踪“海洋熊猫”：用于珠江口极危物种太平洋拟石首鱼（Bahaba taipingensis）环境DNA监测的物种特异性qPCR检测方法

黄唇鱼（Bahaba taipingensis，石首鱼科）是中国国家一级保护海洋鱼类，处于极危状态。亟需可靠的非侵入性监测工具，以支持其保护与增殖放流工作。我们开发并验证了三套基于 TaqMan 探针的 qPCR 检测体系，分别靶向线粒体 12S rRNA、ND5 和控制区（D-loop）位点，用于 B. taipingensis 的物种特异性检测。引物-探针组合基于完整线粒体基因组设计，并通过 GenBank 数据库进行体外模拟评估，同时利用 B. taipingensis 及近缘石首鱼类的组织 DNA 以及阳性环境 DNA（eDNA）样品进行体外验证；检测灵敏度则通过合成靶标 DNA 的系列稀释进行定量评估。三套检测体系均表现出较高的特异性和稳定的扩增效果；其中 12S rRNA 检测体系（Bhb-12S）因低拷贝灵敏度更高且副产物最少，被选定用于野外样品筛查。我们将 Bhb-12S 检测体系应用于 2025 年调查期间在香港西部 23 个站点采集的 414 份海水样品，并在 9 月样品中检测到 B. taipingensis 的 eDNA（0.71-2.85 拷贝/L；平均值 2.05），阳性检测结果经 Sanger 测序确认。总体而言，这些经验证的 qPCR 检测体系为 B. taipingensis 的非侵入性监测提供了稳健的分子工具，并将有助于珠江口及邻近沿海水域的保护规划、增殖放流效果评估和长期生物多样性监测。

黄唇鱼（Bahaba taipingensis，石首鱼科）是中国国家一级保护海洋鱼类，濒危等级为极危。亟需可靠的非侵入式监测工具，以支撑其保护与增殖放流工作。我们开发并验证了三种基于 TaqMan 探针的 qPCR 检测方法，分别靶向线粒体 12S rRNA、ND5 和控制区（D-loop）位点，用于 B. taipingensis 的物种特异性检测。引物-探针组合基于完整线粒体基因组设计，并通过与 GenBank 数据库进行计算机比对以及利用 B. taipingensis 和近缘石首鱼类组织 DNA、阳性 eDNA 样本进行体外验证；同时采用合成靶标 DNA 的系列稀释液对检测灵敏度进行定量评估。三种检测方法均表现出较高的特异性和稳定的扩增效果；其中 12S rRNA 检测方法（Bhb-12S）因其在低拷贝条件下具有更优的灵敏度且副产物最少，被选用于野外样本筛查。我们将 Bhb-12S 检测方法应用于 2025 年调查期间在香港西部 23 个站位采集的 414 份海水样本，并在 9 月样本中检测到 B. taipingensis 的 eDNA（0.71–2.85 拷贝/L；平均值 2.05），阳性检测结果经 Sanger 测序确认。总体而言，这些经验证的 qPCR 检测方法为 B. taipingensis 的非侵入式监测提供了稳健的分子工具，将有助于珠江口及邻近近岸水域的保护规划、增殖放流效果评估和长期生物多样性监测。

📄 原文链接：https://www.biorxiv.org/content/10.64898/2026.07.20.739478v1?rss=1

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