- 32 次围观
细胞游离 DNA（cfDNA）甲基化谱分析在无创癌症检测中前景广阔，但 cfDNA 内在的 DNA 损伤会削弱甲基组分析的准确性。标准文库构建流程包括一个末端修复步骤，在此过程中，DNA 聚合酶可从单链断裂（nick）处启动合成，在 3' 方向上以未甲基化核苷酸替代内源性甲基化核苷酸，从而系统性地抹除甲基化信息。该伪影不同于末端锯齿状效应，并且会不成比例地影响富含 nicks 的 cfDNA 和 FFPE DNA。在此，我们开发了 cf-Cabernet，其建立于 Cabernet 框架（Cao et al., 2023）之上——一种酶法甲基化测序方法，具有载体 DNA 辅助样本回收和适于扩增的转换后处理——并在末端修复前增加了一个由 Taq DNA 连接酶介导的 nick 修复步骤。使用配对 cfDNA 样本，我们将 cf-Cabernet 与标准 EM-seq 和 WGBS 进行了比较。cf-Cabernet 和 EM-seq 在比对率方面均显著优于 WGBS。关键的是，标准 EM-seq 相较于 WGBS 表现出全局甲基化水平降低，而 cf-Cabernet 获得的甲基化水平与 WGBS 一致。M-bias 分析显示，EM-seq 文库在整个读长范围内均持续表现出甲基化降低，而 cf-Cabernet 的甲基化在终端约 40 bp 的锯齿状边缘区域之外恢复至 WGBS 基线水平。末端修复过程中由 nick 引起的甲基化抹除，是 cfDNA 甲基化测序中一个重要但此前未被充分重视的误差来源。cf-Cabernet 通过预先进行 nick 连接，有效缓解了这一伪影，使得能够从受损 DNA 模板中实现准确的甲基组分析。该方法可广泛应用于 cfDNA、FFPE DNA 以及其他 DNA 完整性受损的临床样本，为基于甲基化的液体活检应用提供了稳健基础。
cf-Cabernet：在末端修复前进行缺口修复可保留无细胞DNA甲基化测序中的内源性DNA甲基化信息 | bioRxiv 跳至主要内容 首页 关于 提交 警报 / RSS 搜索此关键词 高级搜索 新结果 cf-Cabernet：在末端修复前进行缺口修复可保留无细胞DNA甲基化测序中的内源性DNA甲基化信息 Tianjiao Yuan ， Yali Bai ， Liyang Song ， Aicui Zhang ， Yueyang Liu ， Yunlong Cao doi： https://doi.org/10.64898/2026.07.14.738208 Tianjiao Yuan 1 昌平实验室； 在 Google Scholar 上查找该作者 在 PubMed 上查找该作者 在持有人为作者/资助方，其已授权bioRxiv永久展示该预印本。 其可依据 CC-BY-NC 4.0 国际许可协议 获取。 返回顶部 上一页 下一页 发表于2026年7月20日。 下载PDF 电子邮件 感谢您有意传播bioRxiv的内容。 您的电子邮件 * 您的姓名 * 发送至 * 请将多个地址分别写在不同行，或用逗号分隔。 您将发送以下内容的电子邮件 cf-Cabernet：在末端修复前进行缺口修复可保留无细胞DNA甲基化测序中的内源性DNA甲基化信息 消息主题 （您的姓名）已从bioRxiv向您转发了一页内容 消息正文 （您的姓名）认为您可能会想查看bioRxiv网站上的此页面。 您的个人留言 验证码 此问题用于测试您是否为真人访问者，并防止自动垃圾信息提交。 分享 cf-Cabernet：在末端修复前进行缺口修复可保留无细胞DNA甲基化测序中的内源性DNA甲基化信息 Tianjiao Yuan ， Yali Bai ， Liyang Song ， Aicui Zhang ， Yueyang Liu ， Yunlong Cao bioRxiv 2026.07.14.738208； doi： https://doi.org/10.64898/2026.07.14.738208 分享本文： 复制 引文工具 cf-Cabernet：在末端修复前进行缺口修复可保留无细胞DNA甲基化测序中的内源性DNA甲基化信息 Tianjiao Yuan ， Yali Bai ， Liyang Song ， Aicui Zhang ， Yueyang Liu ， Yunlong Cao bioRxiv 2026.07.14.738208； doi： https://doi.org/10.64898/2026.07.14.738208
📄 原文链接：https://www.biorxiv.org/content/10.64898/2026.07.14.738208v1?rss=1
🏷️ cfDNA甲基化 缺口修复 末端修复 液体活检 FFPE DNA 文库构建