美国野生鹿群中广泛存在牛样病毒和新型病毒

在过去的几十年中，北美地区的鹿种群数量显著增长，导致其与人类和家畜的频繁接触，并增加了病原体溢出的可能性。尽管人类、野生动物与家畜之间的病原体溢出具有重要意义，但鹿体内存在的病毒多样性在很大程度上仍不清楚。我们采用宏基因组高通量测序方法，对在美国九个州十四个研究地点捕获的活体骡鹿（Odocoileus hemionus）和白尾鹿（Odocoileus virginianus）上呼吸道中的病毒群落进行了表征。除位于伊利诺伊州和犹他州的两个研究地点外，我们在两种鹿的所有研究地点均鉴定出感染脊椎动物的病毒。病毒丰富度在不同物种之间或不同研究地点之间均无差异。然而，病毒群落组成在不同研究地点之间存在差异，但在鹿物种之间不存在差异。在检测到的病毒序列中，若干序列来源于或与此前在人类（例如，严重急性呼吸综合征冠状病毒2）和家畜（例如，类牛冠状病毒）中描述的病毒密切相关。我们还记录了近期在鹿中发现的病毒，例如CHeRI orbivirus 1。最后，我们在小核糖核酸病毒科（Picornaviridae）、弹状病毒科（Rhabdoviridae）和托巴病毒科（Tobaniviridae）中鉴定出若干新的推定病毒，包括一种与牛鼻炎A病毒相关的新型口疮病毒属（Aphthovirus）病毒，该病毒存在于两种鹿中，分布于七个州和九个研究地点。我们的研究结果拓展了对美国两种鹿病毒多样性的认识，并为野生动物、家畜和人类交界面上的病原体管理提供了重要见解。

在过去的几十年中，北美的鹿种群数量显著增长，导致其与人类和家畜的频繁接触，并增加了病原体溢出的可能性。尽管人类、野生动物和家畜之间的病原体溢出具有重要意义，但鹿体内存在的病毒多样性在很大程度上仍不清楚。我们采用宏基因组高通量测序方法，对活体骡鹿上呼吸道中的病毒群落进行了表征（

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🏷️ 鹿病毒组 宏基因组测序 病原体溢出 野生动物病毒 冠状病毒 新型病毒发现