利用从花粉粒中提取的单倍体DNA对“Wonderful”石榴基因组进行定相

在过去二十年中，石榴（Punica granatum L.）栽培在科学和商业方面的关注度显著提升。由于其富含高浓度生物活性化合物并具有良好的营养保健特性，石榴被界定为一种功能性食品。为了开发先进的基因组工具以提高石榴育种计划的效率，我们报道了“Wonderful”石榴品种的染色体尺度且单倍型解析的基因组组装结果；该品种在世界范围内被广泛栽培。 从二倍体叶片组织中提取的DNA采用长读长测序技术（PacBio和Nanopore）进行测序，而从单倍体花粉粒中提取的DNA则采用短读长测序平台（Illumina）进行测序。利用名为“Hapi”的R软件包对11个单一单倍体配子细胞的基因组数据进行分析，以实现基因组分相。最终基因组组装大小为372.51 Mbp，并锚定到8对同源染色体上。 本研究为采用一种创新且高效的方法进行单倍型解析基因组组装提供了见解，该方法能够以更高分辨率检测DNA变异，并为研究减数分裂过程中单个配子细胞中的交换事件提供了机会。

在过去二十年中，石榴（Punica granatum L.）栽培在科学和商业层面的关注显著增加。由于其富含高浓度生物活性化合物并具有良好的营养保健特性，石榴被界定为一种功能性食品。为了开发先进的基因组工具以提高石榴育种计划的效率，我们构建并展示了“Wonderful”石榴品种的染色体尺度且单倍型解析的基因组组装；该品种在世界范围内广泛种植。取自二倍体叶片组织的DNA采用长读长测序技术（PacBio和Nanopore）进行测序，而从单倍体花粉粒中提取的DNA则采用短读长平台（Illumina）进行测序。利用名为“Hapi”的R软件包对来自11个单一单倍体配子细胞的基因组数据进行分析，以实现基因组分相。最终基因组组装大小为372.51 Mbp，并锚定到8对同源染色体上。本研究为采用一种创新且高效的方法进行单倍型解析基因组组装提供了见解，该方法能够以更高分辨率检测DNA变异，并为研究减数分裂过程中单个配子细胞内的交换事件提供了机会。

📄 原文链接：https://www.biorxiv.org/content/10.64898/2026.07.13.738218v1?rss=1

🏷️ 石榴基因组 单倍型定相 花粉单倍体DNA 染色体级组装 基因组测序