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病原体生物信息学流程的大量涌现，已经超过了学术共同体在统一基础上对其进行比较的能力。自我报告的性能指标、临时构建的评估数据集以及不一致的评价度量，使临床和公共卫生研究人员难以进行流程选择。我们提出了 PathoBench，这是一个开放的网络平台，通过三项相互协调的机制来弥补这一缺口：（i）一个经过策展的注册库，包含覆盖 10 种人类病原体的 26 个标准基准数据集，每个数据集均配有持久标识符和直接下载链接；（ii）病原体特异性的评价指标，要求提交结果时必须报告这些指标，从而仅在相同数据集上实现直接的头对头比较；以及（iii）一个可信度框架，该框架结合了强制性数据集声明、关联 ORCID 的署名、公开同行评论和管理员核验。作为案例研究，我们依据 WHO 结核病突变目录对 4 个已发表的结核分枝杆菌耐药性流程进行了评估，结果表明该框架具有区分能力。PathoBench 已面向共同体开放，支持围绕全部 10 种已支持病原体开展贡献。
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摘要
病原体生物信息学流程的大量涌现，已超出学术共同体在统一基础上对其进行比较的能力。由作者自行报告的性能数据、临时性的评估数据集以及不一致的评价指标，使临床与公共卫生研究人员难以进行流程选择。我们提出 PathoBench，这是一个开放的网络平台，通过三项协同机制来弥补这一缺口：（i）一个经过整理的标准基准数据集注册库，涵盖 10 种人类病原体的 26 个数据集，每个数据集均具有持久标识符和直接下载链接；（ii）病原体特异性的评价指标，要求提交结果者必须报告这些指标，从而仅在相同数据集上实现直接的头对头比较；（iii）一个可信度框架，将强制性数据集证明、ORCID 关联署名、公开同行评论以及管理员核验结合起来。作为案例研究，我们依据 WHO 结核病突变目录，对 4 个已发表的结核分枝杆菌耐药性分析流程进行了评估，展示了该框架的判别能力。PathoBench 面向所有 10 种受支持病原体开放，欢迎社区贡献。
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发布于 2026 年 7 月 17 日。 下载 PDF
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PathoBench：用于病原体生物信息学工具的开放式社区驱动基准注册平台
Yibo Dong， Na Li， Calin B. Chiribau， Molly Mitchell， Xiaoming Liu， Andy Perkins
bioRxiv 2026.07.16.739016； doi： https://doi.org/10.64898/2026.07.16.739016
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Yibo Dong， Na Li， Calin B. Chiribau， Molly Mitchell， Xiaoming Liu， Andy Perkins
bioRxiv 2026.07.16.739016； doi： https://doi.org/10.64898/2026.07.16.739016
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