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通过转座子测序（Tn-seq）和CRISPR干扰（CRISPRi）生成的全基因组生存必需性图谱，已成功绘制出变异链球菌（Streptococcus mutans）的必需基因组。然而，尤其对于被注释为“假定蛋白”或尚未表征的基因而言，如何将这些发现转化为机制层面的生物学功能，仍然是一个重要瓶颈。 在本研究中，我们建立了一套整合性功能基因组学流程，将预测性生物信息学、可调控的CRISPRi转录沉默、透射电子显微镜、转录组学以及遗传抑制子筛选相结合，用于表征S. mutans中9个遗留的假定必需基因。比较转录组学和蛋白质组学分析揭示，在多种不同的必需通路中存在一种保守的基础应激特征，其标志为citZ-citB-idh代谢位点与不溶性基质合成酶（gtfBC）的协同下调，并伴随着整合共轭元件TnSmu1的强烈激活。 在这一系统性应激背景下，我们成功解析了SMU_393的功能，确定其为肺炎链球菌染色体分离调控因子RocS的功能等效物。SMU_393耗竭会导致异常的细胞增宽、对DNA损伤的高敏感性，以及显著比例的无核细胞亚群。值得注意的是，这些表型可被复制起始蛋白AAA+ ATP酶结构域内一个自发产生的表面暴露错义突变（dnaAQ197E）所绕过。 综上，本研究揭示了一个重要的细胞周期调控因子，并为探索口腔微生物组中尚未表征的必需基因提供了一个研究框架。
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解析 变异链球菌 必需基因组：对假定基因的多组学解析及功能性 RocS 同源等效物的鉴定
Courtney Dover，Kipa Tamrakar，Bikash Dwivedi，Evan R Roberts，Sangam Chudal，Shawn King，Emilio Soriano Chavez，Valérie de Crécy-Lagard，Robert C. Shields
bioRxiv 2026.07.15.738700； doi： https://doi.org/10.64898/2026.07.15.738700
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解析 变异链球菌 必需基因组：对假定基因的多组学解析及功能性 RocS 同源等效物的鉴定
Courtney Dover，Kipa Tamrakar，Bikash Dwivedi，Evan R Roberts，Sangam Chudal，Shawn King，Emilio Soriano Chavez，Valérie de Crécy-Lagard，Robert C. Shields
bioRxiv 2026.07.15.738700； doi： https://doi.org/10.64898/2026.07.15.738700
📄 原文链接：https://www.biorxiv.org/content/10.64898/2026.07.15.738700v1?rss=1
🏷️ 变异链球菌 必需基因组 CRISPRi 功能基因组学 染色体分离 RocS同源物