长内在无序蛋白粗粒化模拟：Martini 3力场的基准测试

Martini 3 是一种非常适合模拟细胞样环境中长内在无序蛋白（IDPs）的力场。迄今为止，大多数面向 IDP 的 Martini 3 变体仅在长度不超过 140 个氨基酸的较短 IDP 上进行了基准测试。本文提出了一项全面的基准研究，纳入了长度最高达 809 个氨基酸的 IDP，并比较了四种广为人知的用于 IDP 的 Martini 3 变体的表现。 仅对成键参数进行修正会导致构象过度致密，因而无法重现实验中观察到的大型 IDP 的回转半径。相比之下，对相互作用参数进行整体重标定——对于高电荷的长 IDP，还包括对静电相互作用的调节——能够在所有测试的长度尺度上产生可接受的致密化水平。

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长内在无序蛋白的粗粒化模拟：Martini 3 力场的基准测试

Christina Goss， Camilo Aponte-Santamaría， Frauke Gräter

doi： https://doi.org/10.64898/2026.07.17.739185

Christina Goss 1 马克斯·普朗克高分子研究所； 在 Google Scholar 上查找该作者 在 PubMed 上查找该作者 在持有人为作者/资助方，其已授予 bioRxiv 永久展示该预印本的许可。 本文依据 CC-BY-NC-ND 4.0 国际许可协议 提供。

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发表于 2026 年 7 月 17 日。

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Christina Goss， Camilo Aponte-Santamaría， Frauke Gräter

bioRxiv 2026.07.17.739185； doi： https://doi.org/10.64898/2026.07.17.739185

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Christina Goss， Camilo Aponte-Santamaría， Frauke Gräter

bioRxiv 2026.07.17.739185； doi： https://doi.org/10.64898/2026.07.17.739185

📄 原文链接：https://www.biorxiv.org/content/10.64898/2026.07.17.739185v1?rss=1

🏷️ 内在无序蛋白 粗粒化模拟 Martini 3力场 分子动力学 力场基准测试