组装并注释台农67号水稻基因组以追溯其粳稻和籼稻祖源

本文报道了台农67（TNG67）基因组的409.0 Mb组装结果。TNG67是粳稻与籼稻品种的早期杂交后代。我们采用不同测序平台对TNG67基因组进行了测序，总覆盖度达到209.8×，数据来源包括Illumina双端测序读段、Illumina mate-pair读段以及Oxford Nanopore Technology长读段。该组装的N50为32.3 Mb，最长scaffold为45.2 Mb。我们共注释到38,938个基因，其中28,376个（72.9%）完成了Blast2GO注释阶段。在总基因数中，有4,821个基因（98.4%）具有完整的BUSCO。TNG67基因组中有48.33%（197.5 Mb）由重复序列组成。我们在TNG67中共预测到527个抗稻瘟病基因。我们还分析了TNG67、日本晴（Nipponbare）和台中在来1号（TN1）的20个粒大小相关基因和38个光周期相关基因，并根据TNG67基因与日本晴更相似、与TN1更相似、杂合、相同或特有等特征进行分组。我们还判定了TNG67基因组序列来源于其粳稻或籼稻祖先。该TNG67基因组将有助于水稻研究者提高产量、增强对生物和非生物胁迫的抗性，并理解粳稻与籼稻杂交品种的进化。

在此，我们报道了台农67（TNG67）基因组的409.0 Mb组装结果。TNG67是粳稻与籼稻栽培品种的早期杂交后代。我们采用不同平台对TNG67基因组进行测序，总覆盖度达到209.8×，数据来源于Illumina双端读取、Illumina mate-pair读取以及Oxford Nanopore Technology长读取的组合。该组装的N50为32.3 Mb，最长scaffold为45.2 Mb。我们共注释了38,938个基因，其中28,376个（72.9%）完成了Blast2GO注释阶段。在总基因数中，有4,821个基因（98.4%）具有完整的BUSCO。TNG67基因组中有48.33%（197.5 Mb）由重复序列组成。我们在TNG67中共预测到527个稻瘟病抗性基因。我们还分析了TNG67、日本晴（Nipponbare）和台中在来1号（TN1）的20个粒大小相关基因和38个光周期相关基因，并根据TNG67基因与日本晴更相似、与TN1更相似、杂合、相同或独特等类别进行分组。我们还确定了TNG67基因组序列来源于其粳稻祖先还是籼稻祖先。该TNG67基因组有望帮助水稻研究人员提高产量、增强对生物和非生物胁迫的抗性，并理解粳稻与籼稻杂交栽培品种的进化。

📄 原文链接：https://www.biorxiv.org/content/10.64898/2026.07.15.738793v1?rss=1

🏷️ 水稻基因组组装 基因组注释 粳籼祖源分析 抗稻瘟病基因 农艺性状基因