组合性 MAPK 状态驱动相反的基因程序:对 MCF10A 细胞中 MAP3K 驱动的转录反应的再分析

root 提交于 周五, 07/17/2026 - 10:47
背景。MAPK 信号网络通过以依赖于上游 MAP3K 身份的模式整合 ERK、JNK 和 p38 激酶的活性,来协调相互对立的细胞命运,即增殖与凋亡。Peterson 等(Cell Systems,2023)在 MCF10A 乳腺上皮细胞中利用多重激酶转位报告基因(KTR)生物传感器和功能实验表明,同时共激活 ERK 和 JNK 的 MAP3K 比仅激活 ERK 的 MAP3K 驱动约高十倍的细胞周期进入,并且这两种激酶活性对于这种增殖反应均是独立必需的。原始研究中并未明确这种定量差异背后的转录机制。 结果。我们对 Peterson 等存入的 RNAseq 数据(GEO:GSE213882)进行了系统性的计算重分析,该数据涵盖了多西环素诱导的 MCF10A 乳腺上皮细胞中的 13 种 MAP3K 扰动。基于 Peterson 等报道的信号响应,我们将 MAP3K 分为仅激活 ERK 的激酶(RAF1、COT)和共激活 ERK+JNK 的激酶(MLK1、MLK3、ZAK、TAK1、MEKK2、MEKK3)。这种分层鉴定出 JNK 共激活是与 E2F/MYC 转录极性关联最强的特征。仅激活 ERK 的 MAP3K 显示出 E2F TARGETS、G2M CHECKPOINT 和 MYC TARGETS Hallmark 基因集的负向富集,而 ERK+JNK MAP3K 则显示出正向富集(通过 GSEA 分析,每个 MAP3K 单独检验的 FDR 均

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MAPK 组合状态驱动相反的基因程序:对 MCF10A 细胞中 MAP3K 驱动的转录响应的再分析

Mireia Sole,Beatriz Candas-Estebanez,Renata Kelly da Palma,Cristian Pablo Moiola,Noelia Tellez,Albert Gubern

doi: https://doi.org/10.64898/2026.07.10.737700

Mireia Sole UVic-UCC 在 Google Scholar 上查找该作者 在 PubMed 上查找该作者 在持有人为作者/资助方,其已授予 bioRxiv 永久展示该预印本的许可。 本文依据 CC-BY 4.0 国际许可协议 提供。

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发布于 2026 年 7 月 16 日。

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Mireia Sole,Beatriz Candas-Estebanez,Renata Kelly da Palma,Cristian Pablo Moiola,Noelia Tellez,Albert Gubern

bioRxiv 2026.07.10.737700; doi: https://doi.org/10.64898/2026.07.10.737700

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Mireia Sole,Beatriz Candas-Estebanez,Renata Kelly da Palma,Cristian Pablo Moiola,Noelia Tellez,Albert Gubern

bioRxiv 2026.07.10.737700; doi: https://doi.org/10.64898/2026.07.10.737700


📄 原文链接:https://www.biorxiv.org/content/10.64898/2026.07.10.737700v1?rss=1

🏷️ MAPK信号通路 ERK/JNK共激活 转录组重分析 E2F/MYC转录程序 MCF10A细胞 GSEA