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由于其在特异性和抑制效应方面的优越表现，共价抑制剂研究已成为药物发现中的一个新兴课题。尽管分子对接是预测和评估配体在受体蛋白中构象或结合姿势的常用策略，但共价配体对接需要进行大量且并不简单的前期准备工作，因为在共价复合物形成过程中，配体结构会发生变化。为了促进共价配体的分子对接，我们开发了CHARMM-GUI Covalent Ligand Docker（CGUI-CLD），这是一个由AutoDock4支持的用于共价配体对接的新模块。CGUI-CLD可自动完成配体准备，支持配体修饰，执行对接模拟，并通过直观的用户界面展示结果。内置于CGUI-CLD中的基于知识的数据库目前支持66种warhead和8种氨基酸，可用于无缝自动化地将共价配体从反应前形式转化为反应后加合物形式。此外，CHARMM-GUI High-Throughput Simulator也被集成进来，以快速生成多个分子动力学模拟体系。预计CGUI-CLD将显著减少共价配体对接中的大量工作负担，并推动共价配体研究的发展。
CHARMM-GUI 共价配体对接器：作为基于网络的共价配体分子对接平台 | bioRxiv
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CHARMM-GUI 共价配体对接器：作为基于网络的共价配体分子对接平台
Lingyang Kong，
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Donghyuk Suh，
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Wonpil Im
doi： https://doi.org/10.64898/2026.07.13.738313
Lingyang Kong
利哈伊大学
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通讯作者： wonpil{at}lehigh.edu
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摘要
由于在特异性和抑制效果方面表现优异，共价抑制剂研究已成为药物发现中的一个新兴课题。尽管分子对接是在受体蛋白中预测和评估配体构象或结合姿势的常用策略，但共价配体对接需要进行较为复杂的准备工作，因为在共价复合物形成过程中，配体结构会发生变化。为了促进共价配体的分子对接，我们开发了 CHARMM-GUI 共价配体对接器（CGUI-CLD），这是一个由 AutoDock4 支持的、用于共价配体对接的新模块。CGUI-CLD 可自动化配体准备过程，支持配体修饰，实施对接模拟，并通过直观的用户界面展示结果。构建于 CGUI-CLD 中的基于知识的文库目前支持 66 种战头基团和 8 种氨基酸，可用于将共价配体从反应前形式无缝自动转换为反应后加合物形式。此外，还集成了 CHARMM-GUI 高通量模拟器，以快速生成多个分子动力学模拟体系。预计 CGUI-CLD 将显著减少共价配体对接中的大量工作量，并推动共价配体研究的发展。
利益冲突声明
W.I. 是 MolCube INC. 的联合创始人兼首席执行官。
已声明的资助信息
NIH
R35 GM153458
版权
本预印本的。
本文依据 CC-BY 4.0 国际许可协议公开提供。
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发布于 2026 年 7 月 16 日。
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CHARMM-GUI 共价配体对接器：作为基于网络的共价配体分子对接平台
Lingyang Kong，
Donghyuk Suh，
Wonpil Im
bioRxiv
2026.07.13.738313；
doi：
https://doi.org/10.64898/2026.07.13.738313
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CHARMM-GUI 共价配体对接器：作为基于网络的共价配体分子对接平台
Lingyang Kong，
Donghyuk Suh，
Wonpil Im
bioRxiv
2026.07.13.738313；
doi：
https://doi.org/10.64898/2026.07.13.738313
📄 原文链接：https://www.biorxiv.org/content/10.64898/2026.07.13.738313v1?rss=1
🏷️ 共价配体对接 分子对接 药物发现 CHARMM-GUI AutoDock4 分子动力学模拟