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差异表达研究、单细胞图谱以及靶点发现流程通常将RNA作为蛋白质的替代指标进行测量。在人体各组织中，RNA只能解释蛋白质变异的40%至60%，且目前尚无任何框架能够解析哪些基因能够可靠地将RNA转化为蛋白质。我们构建了一个整合图谱，将来自Tabula Sapiens和Human Brain Cell Atlas的单细胞转录组学数据，与来自Human Protein Atlas的细胞类型分辨免疫组织化学数据进行匹配；该图谱涵盖11,154个基因、24种组织和53种细胞类型中的488,190条观测数据。对于每个基因，我们定义了抑制率，并将基因划分为一致型、可变型和受抑制型三类。总体相关性{rho} {approx} 0.4反映了这些类别混合后的结果，而一致性则取决于基因与组织之间的相互作用。抑制现象仅根据基因序列即可预测，其根源在于翻译效率降低以及依赖组装的降解，而非mRNA降解。受抑制类别在基于临床证据提名的药物靶点中呈富集，但在经化合物活性验证的靶点中并未出现这种富集。我们在R包concordR中实现了这些分类，并审查了在神经退行性疾病中被提名为脑源性靶点的蛋白质，其中几乎没有任何一个在蛋白质水平上得以保留。我们的图谱确立了RNA到蛋白质一致性作为单个基因的一种可测量性质。
artur.shvetcov{at}wimr.org.au
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摘要
差异表达研究、单细胞图谱以及靶点发现流程通常以 RNA 作为蛋白质的替代指标进行测量。在人类各组织中，RNA 仅能解释蛋白质变异的 40% 至 60%，且目前尚无任何框架能够解析哪些基因可以将 RNA 可靠地转化为蛋白质。我们提出了一个整合图谱，将来自 Tabula Sapiens 和 Human Brain Cell Atlas 的单细胞转录组学数据，与 Human Protein Atlas 中按细胞类型分辨的免疫组织化学数据相匹配，共包含 488,190 条观测，覆盖 11,154 个基因、24 种组织和 53 种细胞类型。对于每个基因，我们定义了抑制率，并将基因划分为一致型、可变型和受抑制型。总体相关性 ρ ≈ 0.4 反映了这些类别的混合，而一致性取决于基因与组织之间的相互作用。抑制现象仅凭基因序列即可预测，其根源在于翻译效率降低和依赖装配的降解，而非 mRNA 降解。受抑制类别在基于临床证据提名的药物靶点中富集，但在经化合物活性验证的靶点中并不富集。我们在 R 软件包 concordR 中实现了这些分类，并对神经退行性疾病中被提名为脑源性靶点的蛋白质进行了审查，结果显示几乎没有靶点能够在蛋白质层面保留下来。我们的图谱确立了 RNA 到蛋白质一致性作为单个基因可测量性质的概念。
利益冲突声明 脚注 https://doi.org/10.5281/zenodo.21273384
已声明资助信息 National Health and Medical Research Council， https://ror.org/011kf5r70 ，MRF2040081 ，MRF2052401 Leece Family Ainsworth Family Neil and Norma Hill Foundation
版权 本预印本的。 本文依据 CC-BY-NC-ND 4.0 国际许可协议 提供。
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发表于 2026 年 7 月 14 日。 下载 PDF 补充材料 数据/代码 电子邮件
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人类组织和细胞类型中 RNA 到蛋白质一致性的整合图谱
Caitlin A Finney ， Artur Shvetcov
bioRxiv 2026.07.13.738336； doi： https://doi.org/10.64898/2026.07.13.738336
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人类组织和细胞类型中 RNA 到蛋白质一致性的整合图谱
Caitlin A Finney ， Artur Shvetcov
bioRxiv 2026.07.13.738336； doi： https://doi.org/10.64898/2026.07.13.738336
📄 原文链接：https://www.biorxiv.org/content/10.64898/2026.07.13.738336v1?rss=1
🏷️ RNA-蛋白质一致性 单细胞转录组 人类组织图谱 翻译效率 药物靶点发现